Strojové učení pro návrh interakcí mezi proteiny
Machine learning for the design of protein-protein interactions
Typ dokumentu
diplomová prácemaster thesis
Autor
Anton Bushuiev
Vedoucí práce
Šivic Josef
Oponent práce
Dojčinovski Milan
Studijní obor
Znalostní inženýrstvíStudijní program
InformatikaInstituce přidělující hodnost
katedra aplikované matematikyPráva
A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmlVysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html
Metadata
Zobrazit celý záznamAbstrakt
Cévní mozková příhoda patří celosvětově mezi hlavní příčiny úmrtí a invalidity, a mezi ostatními zdravotními poruchami představuje jednu z nejtěžších socioekonomických zátěží. V této práci aplikujeme nejmodernější metody strojového učení s cílem návrhu nové generace trombolytika stafylokinázy. Naše případová studie zdůrazňuje silné a slabé stránky existujících metod pro návrh interakcí mezi proteiny, které dále adresujeme vývojem nového modelu samořízeného geometrického hlubokého učení PPIformer. Předběžná analýza našeho přístupu ukazuje na jeho vysoký potenciál překonat omezení současných metod pro návrh protein--protein interakcí a stát se tak nástrojem nové generace pro návrh trombolytik a jiných léků. Stroke is a leading cause of death and disability worldwide, resulting in one of the heaviest socioeconomic burdens of any disease kind. In this thesis, we apply state-of-the-art machine-learning methods with the goal of designing a next-generation thrombolytic staphylokinase. Our case study highlights the strengths and weaknesses of existing methods for the design of protein--protein interactions, which we further address by developing a novel self-supervised geometric deep-learning model PPIformer. The preliminary analysis of our approach demonstrates its high potential to overcome the limitations of current methods for designing protein--protein interactions and thus become a next-generation tool for the design of thrombolytics and other medicines.
Kolekce
- Diplomové práce - 18105 [164]
Související záznamy
Zobrazují se záznamy příbuzné na základě názvu, autora a předmětu.
-
Studium fázových přechodů vybraných materiálů pro kultivaci a kryoprezervaci buněk
Autor: Hubka Vojtěch; Vedoucí práce: Kratochvílová Irena; Oponent práce: Šefc Luděk
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2016-05-30)Diplomová práce se zabývá studiem fázových přechodů vybraných materiálů pro kryoprezervaci. Cílem diplomové práce bylo porovnání konvenčních kryoprotektantů (dimethylsulfoxid, trehalóza) s kryoprotektanty ve fázi ... -
Imunohistochemická detekce MSH2 proteinu
Autor: Černá Alena; Vedoucí práce: Staňková Marcela; Oponent práce: Hrdý Jiří
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2016-05-19)Předmětem bakalářské práce je zavedení nového imunohistochemického vyšetření karcinomu tlustého střeva do rutinní laboratorní praxe v laboratoři AeskuLab Patologie k. s. (dříve BioLab) v Praze. Současný stav popisuje ... -
Detekce tunelů v proteinových strukturách metodami plánování pohybu
Autor: Durčák Jindřich; Vedoucí práce: Vonásek Vojtěch; Oponent práce: Kozlíková Barbora
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2017-05-24)Studium proteinů je hlavní oblastí výzkumu molekulární biologie. Jelikož je struktura a funkce proteinů těsně svázaná, získání informací o jejich prostorové konfiguraci patří mezi hlavní cíle jejich zkoumání. V minulosti ...