ČVUT DSpace
  • Search DSpace
  • Čeština
  • Login
  • Čeština
  • Čeština
View Item 
  •   ČVUT DSpace
  • České vysoké učení technické v Praze
  • Fakulta elektrotechnická
  • katedra kybernetiky
  • Bakalářské práce - 13133
  • View Item
  • České vysoké učení technické v Praze
  • Fakulta elektrotechnická
  • katedra kybernetiky
  • Bakalářské práce - 13133
  • View Item
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Detekce selekčních tlaků na lidské endogenní retroviry

Detection of Selection Pressure on Human Endogenous Retroviruses

Type of document
bakalářská práce
bachelor thesis
Author
Tuan Anh Ho
Supervisor
Pačes Jan
Opponent
Le Anh Vu
Field of study
Informatika a počítačové vědy
Study program
Otevřená informatika
Institutions assigning rank
katedra kybernetiky
Rights
A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html
Vysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html
Metadata
Show full item record
Abstract
Lidský genom se skládá z kódující a nekódující DNA. Kódující DNA obsahuje asi dvě procenta genomu. Kóduje proteiny, molekuly funkční RNA a regulační prvky. Podstatná část nekódující DNA se také v různé míře přepisuje na molekuly RNA neznámé nebo pouze částečně známé funkce. Velká část nekódující DNA sestává z repetitivních nukleotidových sekvencí. Asi osm procent lidského genomu je tvořeno endogenními retroelementy, což jsou zbytky retrovirů, které infikovaly lidi ve dávné minulosti. Počet těchto lokusů vyvolává otázku o jejich možném vlivu na fitness hostitele. V této práci řešíme tuto otázku odhadem selekčního tlaku na tyto sekvence. Použili jsme data z projektu " 1000 human genome project" a aplikovali metody založené na frekvenčním spektru mutací. Výsledky jsou pro vědeckou komunitu veřejně přístupné v online databázi HERVd, která je součástí ELIXIR, evropská infrastruktura pro biologické vědy.
 
The human genome consists of coding and non-coding DNA. The coding DNA comprises about two percent of the genome. It encodes proteins, molecules of functional RNA and regulatory elements. A substantial part of the non-coding DNA is also transcribed to a various extent to RNA molecules of unknown or only partially known function. Large portions of the non-coding DNA consists of repetitive nucleotide sequences. About eight percent of the human genome are endogenous retroelements that are remnants of retroviruses that infected humans in ancient times. Abundance of these loci raises a question about their possible functionality influencing fitness of the host. In this work, we approached this question by estimating selection pressure on these DNA sequences. We used data from the "1000 human genomes project" and applied the methods based on site frequency spectrum. The results are publicly available for the scientific community at the HERVd online database, part of ELIXIR, the European life-sciences Infrastructure.
 
URI
http://hdl.handle.net/10467/87642
View/Open
PLNY_TEXT (1.470Mb)
PRILOHA (11.76Kb)
POSUDEK (248.3Kb)
POSUDEK (792.9Kb)
Collections
  • Bakalářské práce - 13133 [467]

České vysoké učení technické v Praze copyright © 2016 

DSpace software copyright © 2002-2016  Duraspace

Contact Us | Send Feedback
Theme by 
@mire NV
 

 

Useful links

CTU in PragueCentral library of CTUAbout CTU Digital LibraryResourcesStudy and library skillsResearch support

Browse

All of DSpaceCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjects

My Account

Login

České vysoké učení technické v Praze copyright © 2016 

DSpace software copyright © 2002-2016  Duraspace

Contact Us | Send Feedback
Theme by 
@mire NV