Show simple item record

Detection of Selection Pressure on Human Endogenous Retroviruses



dc.contributor.advisorPačes Jan
dc.contributor.authorTuan Anh Ho
dc.date.accessioned2020-06-10T11:11:47Z
dc.date.available2020-06-10T11:11:47Z
dc.date.issued2020-06-09
dc.identifierKOS-857604999805
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10467/87642
dc.description.abstractLidský genom se skládá z kódující a nekódující DNA. Kódující DNA obsahuje asi dvě procenta genomu. Kóduje proteiny, molekuly funkční RNA a regulační prvky. Podstatná část nekódující DNA se také v různé míře přepisuje na molekuly RNA neznámé nebo pouze částečně známé funkce. Velká část nekódující DNA sestává z repetitivních nukleotidových sekvencí. Asi osm procent lidského genomu je tvořeno endogenními retroelementy, což jsou zbytky retrovirů, které infikovaly lidi ve dávné minulosti. Počet těchto lokusů vyvolává otázku o jejich možném vlivu na fitness hostitele. V této práci řešíme tuto otázku odhadem selekčního tlaku na tyto sekvence. Použili jsme data z projektu " 1000 human genome project" a aplikovali metody založené na frekvenčním spektru mutací. Výsledky jsou pro vědeckou komunitu veřejně přístupné v online databázi HERVd, která je součástí ELIXIR, evropská infrastruktura pro biologické vědy.cze
dc.description.abstractThe human genome consists of coding and non-coding DNA. The coding DNA comprises about two percent of the genome. It encodes proteins, molecules of functional RNA and regulatory elements. A substantial part of the non-coding DNA is also transcribed to a various extent to RNA molecules of unknown or only partially known function. Large portions of the non-coding DNA consists of repetitive nucleotide sequences. About eight percent of the human genome are endogenous retroelements that are remnants of retroviruses that infected humans in ancient times. Abundance of these loci raises a question about their possible functionality influencing fitness of the host. In this work, we approached this question by estimating selection pressure on these DNA sequences. We used data from the "1000 human genomes project" and applied the methods based on site frequency spectrum. The results are publicly available for the scientific community at the HERVd online database, part of ELIXIR, the European life-sciences Infrastructure.eng
dc.publisherČeské vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.cze
dc.publisherCzech Technical University in Prague. Computing and Information Centre.eng
dc.rightsA university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmleng
dc.rightsVysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmlcze
dc.subjectDNAcze
dc.subjectgenomcze
dc.subjecthomo sapienscze
dc.subjectlidský endogenní retroviruscze
dc.subjectselekční tlakcze
dc.subjectDNAeng
dc.subjectgenomeeng
dc.subjecthomo sapienseng
dc.subjecthuman endogenous retroviruseng
dc.subjectselection pressureeng
dc.titleDetekce selekčních tlaků na lidské endogenní retrovirycze
dc.titleDetection of Selection Pressure on Human Endogenous Retroviruseseng
dc.typebakalářská prácecze
dc.typebachelor thesiseng
dc.contributor.refereeLe Anh Vu
theses.degree.disciplineInformatika a počítačové vědycze
theses.degree.grantorkatedra kybernetikycze
theses.degree.programmeOtevřená informatikacze


Files in this item





This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record