Show simple item record

Path Planning in Protein Structures



dc.contributor.advisorVonásek Vojtěch
dc.contributor.authorJankovec Tom
dc.date.accessioned2016-06-05T09:39:51Z
dc.date.available2016-06-05T09:39:51Z
dc.date.issued2016-05-24
dc.identifierKOS-587864568305
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10467/64656
dc.description.abstractProblematika detekce dutin a tunelů v proteinových molekulových strukturách je intenzivně zkoumaným tématem jak z biochemického tak z informatického hlediska, s širokým spektrem aplikací, kterými jsou například návrh léků či proteinové inženýrství. Existuje řada softwarových nástrojů (příkladem je fpocket a CAVER), které umožňují detekci a analýzů proteinových tunelů. Cílem této bakalářské práce je vytvoření nové alternativní metody pro detekci proteinových tunelů, za využití algoritmů pocházejících z oblasti robotiky (například algoritmu Rapidly-exploring Random Trees). Nově navržená metoda využívá konceptu zakázaných oblastí pro ovlivnění způsobu růstu stromu, spolu s řadou dalších modifikací, které umožňují najít proteinové tunely v molekulách.cze
dc.description.abstractThe problem of protein cavity and tunnel detection in is a widely studied topic both from the biochemical and the computational standpoint, with a broad spectrum of applications, such as pharmaceutical design and protein engineering. A number of software tools currently exists, such as the fpocket and CAVER, which allow for protein tunnel detection and analysis. The goal of this thesis is to propose a new alternative method for protein tunnel detection, which utilizes well established and analyzed algorithms originating in the field of robotics, namely the Rapidly-exploring Random Trees algorithm. The novel method utilizes a novel concept of disabled areas to guide the tree growth, plus a score of other modifications to allow the algorithm to find multiple protein tunnels.eng
dc.language.isoENG
dc.publisherČeské vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.cze
dc.publisherCzech Technical University in Prague. Computing and Information Centre.eng
dc.rightsA university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://www.cvut.cz/sites/default/files/content/d1dc93cd-5894-4521-b799-c7e715d3c59e/cs/20160901-metodicky-pokyn-c-12009-o-dodrzovani-etickych-principu-pri-priprave-vysokoskolskych.pdfeng
dc.rightsVysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://www.cvut.cz/sites/default/files/content/d1dc93cd-5894-4521-b799-c7e715d3c59e/cs/20160901-metodicky-pokyn-c-12009-o-dodrzovani-etickych-principu-pri-priprave-vysokoskolskych.pdfcze
dc.subjectdetekce proteinových tunelů, plánování cesty, výpočetní geometriecze
dc.subjectprotein tunnel detection, path planning, computational geometryeng
dc.titleHledání cest v proteinových strukturáchcze
dc.titlePath Planning in Protein Structureseng
dc.typebakalářská prácecze
dc.typebachelor thesiseng
dc.date.accepted
dc.contributor.refereeKozlíková Barbora
theses.degree.disciplineRobotikacze
theses.degree.grantorkatedra kybernetikycze
theses.degree.programmeKybernetika a robotikacze


Files in this item








This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record