Hledání cest v proteinových strukturách
Path Planning in Protein Structures
Typ dokumentu
bakalářská prácebachelor thesis
Autor
Jankovec Tom
Vedoucí práce
Vonásek Vojtěch
Oponent práce
Kozlíková Barbora
Studijní obor
RobotikaStudijní program
Kybernetika a robotikaInstituce přidělující hodnost
katedra kybernetikyPráva
A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://www.cvut.cz/sites/default/files/content/d1dc93cd-5894-4521-b799-c7e715d3c59e/cs/20160901-metodicky-pokyn-c-12009-o-dodrzovani-etickych-principu-pri-priprave-vysokoskolskych.pdfVysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://www.cvut.cz/sites/default/files/content/d1dc93cd-5894-4521-b799-c7e715d3c59e/cs/20160901-metodicky-pokyn-c-12009-o-dodrzovani-etickych-principu-pri-priprave-vysokoskolskych.pdf
Metadata
Zobrazit celý záznamAbstrakt
Problematika detekce dutin a tunelů v proteinových molekulových strukturách je intenzivně zkoumaným tématem jak z biochemického tak z informatického hlediska, s širokým spektrem aplikací, kterými jsou například návrh léků či proteinové inženýrství. Existuje řada softwarových nástrojů (příkladem je fpocket a CAVER), které umožňují detekci a analýzů proteinových tunelů. Cílem této bakalářské práce je vytvoření nové alternativní metody pro detekci proteinových tunelů, za využití algoritmů pocházejících z oblasti robotiky (například algoritmu Rapidly-exploring Random Trees). Nově navržená metoda využívá konceptu zakázaných oblastí pro ovlivnění způsobu růstu stromu, spolu s řadou dalších modifikací, které umožňují najít proteinové tunely v molekulách. The problem of protein cavity and tunnel detection in is a widely studied topic both from the biochemical and the computational standpoint, with a broad spectrum of applications, such as pharmaceutical design and protein engineering. A number of software tools currently exists, such as the fpocket and CAVER, which allow for protein tunnel detection and analysis. The goal of this thesis is to propose a new alternative method for protein tunnel detection, which utilizes well established and analyzed algorithms originating in the field of robotics, namely the Rapidly-exploring Random Trees algorithm. The novel method utilizes a novel concept of disabled areas to guide the tree growth, plus a score of other modifications to allow the algorithm to find multiple protein tunnels.
Kolekce
- Bakalářské práce - 13133 [777]