Predikce a vizualizace proteinových sekundárních struktur na genomových datech

Abstract

Predikce a vizualizace proteinových sekundárních struktur na genomových datech Diplomová práce popisuje nástroj pro hledání kandidátních genů rodiny genů tetherin/bst2 u obratlovců. Hledání je založeno na třech různých charakteristických motivech nalézaných u všech členů této genové rodiny. Definované proteinové motivy jsou: transmembránové oblasti, coiled-coil struktura a GPI (glykofosfatidylinositol) modifikace/kotva. Nástroj vyvinutý v této práci bere jako vstup oblast DNA a automatizuje vyhledávání a identifikaci motivů, načež vytváří přehledný textový a grafický výstup ve formě HTML stránky. Vzhledem k relativně široké definici charakteristických motivů je nástroj určen jako pomocník pro odborníka a je zaměřen na prezentaci komplexních výstupů ze standardních algoritmů uživatelsky přívětivým způsobem.

Prediction and visualization of protein secondary structures on genomic data The diploma thesis describes a tool for a search for candidate genes of the tetherin/bst2 gene family in vertebrates. The search is based on three different characteristic motifs found in all members of this gene family. The defined protein motifs are: transmembrane regions, coiled-coil structure and GPI (glycophosphatidylinositol) modification/anchor. The tool developed in this work takes as an input region of a DNA and automates search and identification of motifs, than creates clear textual and graphics output in a form of HTML page. Because of a relatively broad definition of characteristic motifs the tool is meant as a helper for an expert and is focused on presenting complex outputs from standard algorithms in a user friendly way.