Predikce a vizualizace proteinových sekundárních struktur na genomových datech
Prediction and visualization of protein secondary structures on genomic data
Typ dokumentu
diplomová prácemaster thesis
Autor
Petr Adámek
Vedoucí práce
Pačes Jan
Oponent práce
Hoksza David
Studijní obor
Přístroje a metody pro biomedicínuStudijní program
Biomedicínská a klinická technikaInstituce přidělující hodnost
katedra přírodovědných oborůPráva
A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmlVysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html
Metadata
Zobrazit celý záznamAbstrakt
Predikce a vizualizace proteinových sekundárních struktur na genomových datech Diplomová práce popisuje nástroj pro hledání kandidátních genů rodiny genů tetherin/bst2 u obratlovců. Hledání je založeno na třech různých charakteristických motivech nalézaných u všech členů této genové rodiny. Definované proteinové motivy jsou: transmembránové oblasti, coiled-coil struktura a GPI (glykofosfatidylinositol) modifikace/kotva. Nástroj vyvinutý v této práci bere jako vstup oblast DNA a automatizuje vyhledávání a identifikaci motivů, načež vytváří přehledný textový a grafický výstup ve formě HTML stránky. Vzhledem k relativně široké definici charakteristických motivů je nástroj určen jako pomocník pro odborníka a je zaměřen na prezentaci komplexních výstupů ze standardních algoritmů uživatelsky přívětivým způsobem. Prediction and visualization of protein secondary structures on genomic data The diploma thesis describes a tool for a search for candidate genes of the tetherin/bst2 gene family in vertebrates. The search is based on three different characteristic motifs found in all members of this gene family. The defined protein motifs are: transmembrane regions, coiled-coil structure and GPI (glycophosphatidylinositol) modification/anchor. The tool developed in this work takes as an input region of a DNA and automates search and identification of motifs, than creates clear textual and graphics output in a form of HTML page. Because of a relatively broad definition of characteristic motifs the tool is meant as a helper for an expert and is focused on presenting complex outputs from standard algorithms in a user friendly way.
Kolekce
- Diplomové práce - 17101 [236]