Analýza obrazu gelové elektroforézy

Abstract

Cílem této bakalářské práce je popsat použité metody zpracování obrazu gelové elektroforézy. Práce se zabývá detekcí značek zachycených na snímcích gelové elektroforézy a jejich následným zpracováním. To se skládá z vybrání značek tvořících žebříčky s referenčními hodnotami počtu bází, opravou vstupní rotace v obrázcích a zkreslení způsobeného nehomogenitou proudu, fitování nalezených žebříčků do referenční struktury, a odhad počtu bází neznámých značek na základě jejich polohy vzhledem k referenčním žebříčkům. Výsledky práce jsou vizualizovány pomocí jednoduše ovladatelného programu.

The aim of this bachelor thesis is to describe used methods of image processing of gel electrophoresis. The thesis deals with the detection of markers - bands, captured on the images of gel electrophoresis and their subsequent processing. This processing consists of selecting the ladder markers with base pairs reference values, correcting the image rotation and current inhomogeneity distortion, fitting the found ladders to a reference structure, and estimating the number of base pairs of the unknown markers based on their position relative to the reference ladders. The results are visualized using an easy-to-use program.