Analýza obrazu gelové elektroforézy

Josef Grus

Gel Electrophoresis Image Analysis

Type of document

bakalářská práce
bachelor thesis

Author

Josef Grus

Supervisor

Kybic Jan

Opponent

Šára Radim

Study program

Kybernetika a robotika

Institutions assigning rank

katedra kybernetiky

Rights

A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html
Vysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html

Metadata

Show full item record

Abstract

Cílem této bakalářské práce je popsat použité metody zpracování obrazu gelové elektroforézy. Práce se zabývá detekcí značek zachycených na snímcích gelové elektroforézy a jejich následným zpracováním. To se skládá z vybrání značek tvořících žebříčky s referenčními hodnotami počtu bází, opravou vstupní rotace v obrázcích a zkreslení způsobeného nehomogenitou proudu, fitování nalezených žebříčků do referenční struktury, a odhad počtu bází neznámých značek na základě jejich polohy vzhledem k referenčním žebříčkům. Výsledky práce jsou vizualizovány pomocí jednoduše ovladatelného programu.

The aim of this bachelor thesis is to describe used methods of image processing of gel electrophoresis. The thesis deals with the detection of markers - bands, captured on the images of gel electrophoresis and their subsequent processing. This processing consists of selecting the ladder markers with base pairs reference values, correcting the image rotation and current inhomogeneity distortion, fitting the found ladders to a reference structure, and estimating the number of base pairs of the unknown markers based on their position relative to the reference ladders. The results are visualized using an easy-to-use program.