Show simple item record

Clustering of RNA-seq Reads by Gene Expression Levels



dc.contributor.advisorRyšavý Petr
dc.contributor.authorHana Mertanová
dc.date.accessioned2019-06-11T14:46:33Z
dc.date.available2019-06-11T14:46:33Z
dc.date.issued2019-06-05
dc.identifierKOS-782890521705
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10467/82485
dc.description.abstractTechnológie na sekvenovanie produkujú veľké množstvo bioinformatických dát. Z týchto dát je možné získať celé spektrum informácií, ako napríklad štruktúru DNA, stav buniek a veľa ďalších. V tejto práci uvedieme základné koncepty a metódy používané na spracovanie dát získaných sekvenovaním. Zameriame sa najmä na analýzu génovej expresie. Bežný prístup je založený na priraďovaní sekvencií na úseky v referenčnom reťazci. Na rozdiel od prístupov založených na referencii, naším cieľom bude rozdeliť sekvencie podľa príslušnosti k jednotlivým génom bez znalosti referenčného reťazca. Na záver porovnáme naše riešenie so štandardným algoritmom založeným na metóde využívajúcej referenciu. Kľúčové slová: zhlukovanie, ready, génová expresia, bez referencie.cze
dc.description.abstractSequencing technologies produce a high amount of bioinformatic data. These data are then processed by various algorithms, gathering the information about the DNA structure, the cell condition and many others. In this thesis, we introduce the basic concepts and methods used to process the sequenced data. Specifically, we focus on the gene expression analysis. Standard approaches are based on aligning the input sequences to the reference. Unlike these reference-based pipelines, our main goal is to categorize the input sequences according to the membership to the different genes without any reference. Finally, we compare our solution to the reference-based algorithm. Keywords: clustering, reads, gene expression, reference-free.eng
dc.publisherČeské vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.cze
dc.publisherCzech Technical University in Prague. Computing and Information Centre.eng
dc.rightsA university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmleng
dc.rightsVysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmlcze
dc.subjectreadycze
dc.subjectgénová expresiacze
dc.subjectbez referenciecze
dc.subjectzhlukovaniecze
dc.subjectclusteringeng
dc.subjectreadseng
dc.subjectgene expressioneng
dc.subjectreference-freeeng
dc.titleShlukování RNA-seq reads podle genové expresecze
dc.titleClustering of RNA-seq Reads by Gene Expression Levelseng
dc.typebakalářská prácecze
dc.typebachelor thesiseng
dc.contributor.refereeHorák Karel
theses.degree.disciplineInformatika a počítačové vědycze
theses.degree.grantorkatedra kybernetikycze
theses.degree.programmeOtevřená informatikacze


Files in this item





This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record