Určování DNA sekvencí z Nanopore dat
DNA base-calling from Nanopore sequencing data
dc.contributor.advisor | Daněček Petr | |
dc.contributor.author | Horák Tomáš | |
dc.date.accessioned | 2017-11-09T10:49:07Z | |
dc.date.available | 2017-11-09T10:49:07Z | |
dc.date.issued | 2017-06-28 | |
dc.identifier | KOS-695599649505 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/10467/73229 | |
dc.description.abstract | Určování DNA sekvencí z Nanopore dat se v současnosti velmi rychle vyvíjí. Od představení zařízení MinION je možné se soustředit na část zvanou určování bází. Tato práce implementuje snadno použitelný nástroj, který k tomuto účelu využívá Viterbiho a Forward-Backward algoritmy. Přesnost daného řešení je porovnatelná s již existujícími nástroji jako Nanocall a DeepNano. Data použitá k testování byla získána pomocí R9 chemie z E.coli DNA molekul. | cze |
dc.description.abstract | MinION Nanopore sequencing technology is a novel approach to DNA sequencing which allows to sequence individual molecules in real time and can generate continuous sequences 100 × longer than the existing short-read technologies. One of the downsides of this emerging technology is much less accurate base-calling, the process of determining the actual DNA sequence from raw data. In this work an open-source implementation of a base-caller is presented. It is based on Hidden Markov Models (HMM) and implements Viterbi and Forward-Backward algorithms. The accuracy is evaluated on E.Coli data and compared to the existing programs. | eng |
dc.language.iso | ENG | |
dc.publisher | České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum. | cze |
dc.publisher | Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre. | eng |
dc.rights | A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html | eng |
dc.rights | Vysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html | cze |
dc.subject | DNA,Určování bází DNA,Algoritmus Forward-Backward,Skrytý Markovův Model,Nanopore,Zarovnání sekvencí,Viterbiho algoritmus | cze |
dc.subject | DNA,DNA Base-calling,Forward-Backward Algorithm,Hidden Markov Model,Nanopore,Sequence Alignment,Viterbi Algorithm | eng |
dc.title | Určování DNA sekvencí z Nanopore dat | cze |
dc.title | DNA base-calling from Nanopore sequencing data | eng |
dc.type | diplomová práce | cze |
dc.type | master thesis | eng |
dc.date.accepted | ||
dc.contributor.referee | Holub Jan | |
theses.degree.discipline | Znalostní inženýrství | cze |
theses.degree.grantor | katedra teoretické informatiky | cze |
theses.degree.programme | Informatika | cze |
Soubory tohoto záznamu
Tento záznam se objevuje v následujících kolekcích
-
Diplomové práce - 18101 [216]