Zobrazit minimální záznam

The occurrence of CrAssphage in sewage waters and in human faeces

dc.contributor.advisorCinek Ondřej
dc.contributor.authorMazánková Karla
dc.date.accessioned2017-06-07T14:33:35Z
dc.date.available2017-06-07T14:33:35Z
dc.date.issued2017-05-19
dc.identifierKOS-587864407405
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10467/69086
dc.description.abstractHlavním cílem této práce je provedení detekce a fylogenetické analýzy poměrně nedávno objeveného bakteriofága CrAssphage ze vzorků stolic dětí pocházejících z evropských, asijských a afrických zemí. Přítomnost crassfágu v prostředí byla testována na vzorcích odpadních vod. Jelikož práce s těmito vzorky podléhá biologickému riziku BSL2, je v teoretické části toto riziko shrnuto a jsou navržena pravidla pro práci s využitím dostupných zdrojů a stávající legislativy. Díky technikám sekvenování nové generace byl identifikován crassfág ve stolicích pocházejících od dětí z Nigérie, Ázerbájdžánu, Jordánska a Súdánu. Takto pozitivní vzorky byly spolu s dalšími stolicemi z Norska a Finska a českými odpadními vodami podrobeny amplifikaci tří informativních úseků crassfága, Sangerovu sekvenování a konstrukci fylogenetických stromů. Tak byla v rámci mezinárodní studie zhodnocena příbuznost genotypů tohoto fága. Přínosem provedené práce jsou nové znalosti o genetické diverzitě tohoto zcela nejprevalentnějšího viru v lidském střevě. I díky našim prioritním datům z Afriky lze potvrdit jeho celosvětový výskyt. Virus se přitom vyznačuje značnou diverzitou, která je bezesporu odrazem evolučních tlaků během jeho soužití s dosud neznámým bakteriálním hostitelem v lidském střevě.cze
dc.description.abstractThe main aim of the work was to detect and genotype the recently discovered bacteriophage CrAssphage in stool samples of children from European, Asian and African countries. The presence of CrAssphage in the environment was tested in a set of Czech sewage water samples. As the work with these samples poses a biological risk, in the theoretical part of the work the biological safety measures are designed and discussed according to present laws. By using next generation virome sequencing, we identified CrAssphage in stool samples of children from Nigeria, Azerbaijan, Jordan and Sudan. Such positive samples were then analyzed along with stools from Norway and Finland, and with sewage waters from Czechia. Three informative regions of CrAssphage genome were amplified, sequenced and subjected to phylogenetic analysis in order to evaluate relatedness of its strains in the context of a world-wide study. The merit of the present work is in new knowledge obtained on the genetic diversity of this most prevalent virus in the human gut. It was possible to confirm its world-wide distribution (also to our priority data from Africa) and to show its marked diversity which undoubtedly mirrors various evolutionary pressures during its symbiosis with a yet unknown bacterial host in the human intestine.eng
dc.language.isoCZE
dc.publisherČeské vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.cze
dc.publisherCzech Technical University in Prague. Computing and Information Centre.eng
dc.rightsA university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html.eng
dc.rightsVysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html.cze
dc.subjectCrAssphage, bakteriofág, fylogenetická analýza, biologické riziko, BSL2cze
dc.subjectCrAssphage, bacteriophage, fylogenetic analysis, biological risk, BSL2eng
dc.titleCrAssphage v odpadních vodách a lidské stolicicze
dc.titleThe occurrence of CrAssphage in sewage waters and in human faeceseng
dc.typeBAKALÁŘSKÁ PRÁCEcze
dc.typeBACHELOR THESISeng
dc.date.accepted
dc.contributor.refereeEfremova Yulia
theses.degree.disciplineZdravotní laborantcze
theses.degree.grantorkatedra zdravotnických oborů a ochrany obyvatelstvacze
theses.degree.programmeSpecializace ve zdravotnictvícze


Soubory tohoto záznamu


Tento záznam se objevuje v následujících kolekcích

Zobrazit minimální záznam