Vyhledávání CRISPR segmentů využívající self-index
Searching for CRISPR segments using self-index
dc.contributor.advisor | Holub Jan | |
dc.contributor.author | Cvacho Ondřej | |
dc.date.accessioned | 2016-06-22T19:50:54Z | |
dc.date.available | 2016-06-22T19:50:54Z | |
dc.date.issued | 2016-05-10 | |
dc.identifier | KOS-587865244505 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/10467/65143 | |
dc.description.abstract | Práce se zaměřuje na využití kompaktních datových struktur v hledání CRISPR segmentů za použití self-indexů. Hledání CRISPR segmentů je srovnatelné s přibližným vyhledáváním řetězce za pomoci generování a vyhledávání všech podobných segmentů s možnou chybou až m. Navržené řešení se snaží redukovat takovou množinu všech podobných řetězců za použití De Bruijnových grafů. Experimentální vyhodnocení prokázalo možnost redukce až o čtyřnásobek. | cze |
dc.description.abstract | The work focuses on the succinct data structures and their use for optimizing search for CRISPR segments using self-index. The search for segments uses approximate string matching by generating all possible segments with m or less mismatches and searching for each of them. I have proposed the solution to reduce the number of possible segments using the De Bruijn graphs as a filter. The experiments have shown that we can reduce the number of the segments almost four times. | eng |
dc.language.iso | ENG | |
dc.publisher | České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum. | cze |
dc.publisher | Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre. | eng |
dc.rights | A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://www.cvut.cz/sites/default/files/content/d1dc93cd-5894-4521-b799-c7e715d3c59e/cs/20160901-metodicky-pokyn-c-12009-o-dodrzovani-etickych-principu-pri-priprave-vysokoskolskych.pdf | eng |
dc.rights | Vysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://www.cvut.cz/sites/default/files/content/d1dc93cd-5894-4521-b799-c7e715d3c59e/cs/20160901-metodicky-pokyn-c-12009-o-dodrzovani-etickych-principu-pri-priprave-vysokoskolskych.pdf | cze |
dc.subject | komprese, vyhledávání, bioinformatika, DNA, De Bruijn grafy, index, FM-index, kompaktní datové struktury | cze |
dc.subject | compression, search, bioinformatics, DNA, De Bruijn graphs, index, FM-index, succinct data structures | eng |
dc.title | Vyhledávání CRISPR segmentů využívající self-index | cze |
dc.title | Searching for CRISPR segments using self-index | eng |
dc.type | diplomová práce | cze |
dc.type | master thesis | eng |
dc.date.accepted | 2016-06-14 | |
dc.contributor.referee | Procházka Petr | |
theses.degree.discipline | Systémové programování | cze |
theses.degree.grantor | 18101 | cze |
theses.degree.programme | Informatika | cze |
Soubory tohoto záznamu
Tento záznam se objevuje v následujících kolekcích
-
Diplomové práce - 18101 [216]