Vyhledávání CRISPR segmentů využívající self-index
Searching for CRISPR segments using self-index
Type of document
diplomová prácemaster thesis
Author
Cvacho Ondřej
Supervisor
Holub Jan
Opponent
Procházka Petr
Field of study
Systémové programováníStudy program
InformatikaInstitutions assigning rank
18101Defended
2016-06-14Rights
A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://www.cvut.cz/sites/default/files/content/d1dc93cd-5894-4521-b799-c7e715d3c59e/cs/20160901-metodicky-pokyn-c-12009-o-dodrzovani-etickych-principu-pri-priprave-vysokoskolskych.pdfVysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://www.cvut.cz/sites/default/files/content/d1dc93cd-5894-4521-b799-c7e715d3c59e/cs/20160901-metodicky-pokyn-c-12009-o-dodrzovani-etickych-principu-pri-priprave-vysokoskolskych.pdf
Metadata
Show full item recordAbstract
Práce se zaměřuje na využití kompaktních datových struktur v hledání CRISPR segmentů za použití self-indexů. Hledání CRISPR segmentů je srovnatelné s přibližným vyhledáváním řetězce za pomoci generování a vyhledávání všech podobných segmentů s možnou chybou až m. Navržené řešení se snaží redukovat takovou množinu všech podobných řetězců za použití De Bruijnových grafů. Experimentální vyhodnocení prokázalo možnost redukce až o čtyřnásobek. The work focuses on the succinct data structures and their use for optimizing search for CRISPR segments using self-index. The search for segments uses approximate string matching by generating all possible segments with m or less mismatches and searching for each of them. I have proposed the solution to reduce the number of possible segments using the De Bruijn graphs as a filter. The experiments have shown that we can reduce the number of the segments almost four times.
Collections
- Diplomové práce - 18101 [216]
Related items
Showing items related by title, author, creator and subject.
-
Indexy uspořádaných stromů pro podstromy a stromové vzorky a jejich prostorové složitosti
Author: Poliak Martin; Supervisor: Janoušek Jan; Opponent: Pokorný Jaroslav
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2018-04-06)This doctoral thesis deals with methods of indexing of a tree for subtrees and for tree patterns. Two types of indexes are considered. The first type is the index of a tree for subtrees, i.e. a full index that accepts all ... -
Randomizované indexy pro přibližné vyhledávání v multidimenzionálních polích
Author: Luboš Krčál; Supervisor: Holub Jan; Opponent: Krátký Michal
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2022-08-31)Multidimensional data, either in the form of dense arrays, or sparse relational data are a common data structure for effective storage, access, management, querying, disseminating, analysis, and visualization of scientific ... -
Analýza paralelních mikroelektrodových záznamů
Author: Vošmik Jiří; Supervisor: Sieger Tomáš; Opponent: Spilka Jiří
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2018-01-09)Lidský mozek je jedna z nejkomplikovanějších známých struktur a jako takový je dlouhodobě zkoumán. Většina výzkumu mozku se zatím zabývala výzkumem chování celých populací neuronů. Detailní výzkum chování jednotlivých ...