• Bioinformatický indexovací nástroj pro vyhledávání v elastických degenerativních řetězcích 

      Autor: Dominika Draesslerová; Vedoucí práce: Holub Jan; Oponent práce: Krčál Luboš
      (České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2023-02-10)
      Schopnost efektivně prohledávat veliké množství dat je důležitou součástí nejen v bioinformatické a informatické sféře, ale v celém moderním světe. Každý organismus je originální a vytvořit komplexní strukturu, která by ...
    • Formalizační metody hudby a automatická kompozice 

      Autor: Hnízdil Tomáš; Vedoucí práce: Pilch Bogdan; Oponent práce: Holub Jan
      (České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum., 2012-07-24)
    • Inkrementální komprese založená na clusterování 

      Autor: Krčál Luboš; Vedoucí práce: Holub Jan; Oponent práce: Trávníček Jan
      (České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum., 2014-06-27)
    • Komprese přirozeného českého textu 

      Autor: Navara Jan; Vedoucí práce: Holub Jan; Oponent práce: Procházka Petr
      (České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2016-06-30)
      V rámci práce byly navrženy a implementovány 4 algoritmy pro bezeztrátovou kompresi přirozeného českého textu využívající lemmatizátor, morfologický tagger a morfologický generátor obsažený v softwaru MorphoDiTa. První z ...
    • Komprese souborů s notovými zápisy 

      Autor: Baier Jan; Vedoucí práce: Holub Jan; Oponent práce: Balík Miroslav
      (České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum., 2012-02-10)
    • Kompresní metoda PPM využívající de Bruijnovy grafy 

      Autor: Kulík Jakub; Vedoucí práce: Holub Jan; Oponent práce: Procházka Petr
      (České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2019-01-31)
      Tato práce pojednavá o odlišném přístupu k PPM kompresnímu algoritmu založeném na succinct de Bruijnových grafech. Využívá dynamické binární vektory a waveletové stromy sloučené do jediného stromu pro vytvoření vysoce ...
    • Metody pro přibližné vyhledávání vzorků v řídkých multidimensionálních polích pomocí metod strojového učení 

      Autor: Kučerová Anna; Vedoucí práce: Krčál Luboš; Oponent práce: Holub Jan
      (České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2017-05-09)
      Hlavním cílem této práce je navrhnout řešení přibližného vyhledávání vzorů, které používá některou z metod strojového učení. Toho je dosaženo využitím hashování a již existujících algoritmů. Hashování se používá k nalezení ...
    • Použití LZW pro kompresi a indexaci velmi podobných řetězců 

      Autor: Perutka Ondřej; Vedoucí práce: Holub Jan; Oponent práce: Procházka Petr
      (České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2015-06-08)
      Tato práce se zabývá vývojem nové kompresní metody založené na LZW a zarovnání řetězců. Algoritmus je pojmenován ALZW a je navržen pro kompresi velmi podobných řetězců. Daná množina řetězců je komprimována pomocí předem ...
    • Přibližné vyhledávání nad vlastními indexy 

      Autor: Hrbek Lukáš; Vedoucí práce: Holub Jan; Oponent práce: Procházka Petr
      Práce se zaměřuje na přibližné vyhledávání s nejvýše k chybami. Chyby jsou definovány s využitím Levenshteinovy vzdálenosti. Pro řešení této úlohy jsem navrhl filtrační algoritmus založený na pigeonhole principu. Prohledávaný ...
    • Určování DNA sekvencí z Nanopore dat 

      Autor: Horák Tomáš; Vedoucí práce: Daněček Petr; Oponent práce: Holub Jan
      (České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2017-06-28)
      Určování DNA sekvencí z Nanopore dat se v současnosti velmi rychle vyvíjí. Od představení zařízení MinION je možné se soustředit na část zvanou určování bází. Tato práce implementuje snadno použitelný nástroj, který k ...
    • Vyhledávání CRISPR segmentů využívající self-index 

      Autor: Cvacho Ondřej; Vedoucí práce: Holub Jan; Oponent práce: Procházka Petr
      (České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2016-05-10)
      Práce se zaměřuje na využití kompaktních datových struktur v hledání CRISPR segmentů za použití self-indexů. Hledání CRISPR segmentů je srovnatelné s přibližným vyhledáváním řetězce za pomoci generování a vyhledávání všech ...