Prohlížení Diplomové práce - 13136 dle autora "Kléma Jiří"
-
Algoritmy pro hraní zjednodušeného Pokeru s vícero hráči
Autor: Münch Martin; Vedoucí práce: Bošanský Branislav; Oponent práce: Kléma Jiří
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2017-05-25)Poker je populární doména v teorii her a je využíván jako příklad sekvenční konečné hry, kde hráči nesdílejí všechny informace. V této práci používáme zjednodušené varianty tříhráčového pokeru k porovnání a analýze různých ... -
Automatická anotace nekódujících RNA
Autor: Lucie Mühlfeitová; Vedoucí práce: Kléma Jiří; Oponent práce: Dostálová Merkerová Michaela
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2024-01-24)Tato práce se zaměřuje na aplikaci metod pro automatizovanou funkční anotaci nekódujících RNA (ncRNA), konkrétně PIWI-interagujících RNA (piRNA). Hlavním cílem těchto metod je přiřadit dosud neprozkoumané piRNA správné ... -
Automatická detekce intronů v genomech hub pomocí metod strojového učení
Autor: Denis Baručić; Vedoucí práce: Kléma Jiří; Oponent práce: Baldrian Petr
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2019-06-13)Tato práce se zabývá problémem detekce intronů v DNA hub. Správná detekce intronů je stěžejní pro rozpoznání druhu na základě neznámé DNA sekvence. Introny však nelze identifikovat pomocí sady jednoduchých pravidel. Z toho ... -
Automatická detekce intronů v genomech hub pomocí pravděpodobnostních modelů
Autor: Marek Zvara; Vedoucí práce: Kléma Jiří; Oponent práce: Větrovský Tomáš
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2019-06-18)Huby sú rozmanité spoločenstvo a pri veľa druhoch doposiaľ nepoznáme ich genóm a funkcie ich génov. Detekcia intrónových oblastí môže pomôcť k vzájomnému celogenómovému porovnaniu húb a určenie ich vzájomných príbuzností. ... -
Automatická detekce intronů v metagenomech pomocí neuronových sítí.
Autor: Martin Indra; Vedoucí práce: Kléma Jiří; Oponent práce: Baldrian Petr
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2021-01-21)Tato práce se zabývá detekcí intronů v metagenomech hub pomocí hlubokých neuronových sítí. Přesné biologické mechanizmy rozpoznávání a vyřezávání intronů nejsou zatím plně známy a jejich strojová detekce není považovaná ... -
Distribuovaná analýza genomických dat založená na cloud computingu
Autor: Mihalovič Filip; Vedoucí práce: Kléma Jiří; Oponent práce: Šedivý Jan
Výzkum v oblasti analýzy genomu spojený se sekvenováním nové generace poskytl vědcům možnost provádět experimenty pro lepší porozumění biologické struktury organismů. Nadefinujte problém výpočetně náročného sestavení genomů ... -
Efektivní výpočet podobnosti sekundárních struktur RNA
Autor: Marek Hrvol; Vedoucí práce: Kléma Jiří; Oponent práce: Pospíšek Martin
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2019-06-13)Tato práce se zaobírá porovnáváním sekundárních struktur RNA pomocí mělkých neuronových sítí. Název nově vytvořené metody je Struc2Vec. Způsob výpočtu je založen na přepisu sekundárních struktur na slova, která jsou následně ... -
Hledání sekundarních struktur v primarních strukturách nukleových kyselin
Autor: Anh Vu Le; Vedoucí práce: Kléma Jiří; Oponent práce: Pospíšek Martin
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2019-06-13)Struktura RNA molekul je významná z hlediska jejich funkce a regulace. Na objev konkrétní funkční struktury v genomu pak může být nahlíženo jako na objev funkce s ní spojené. Translace nezávislá na 5' čepičky je jednou z ... -
Hledání sekvenčních motivů v mRNA selektovaných vazbou na translační iniciační faktory z rodiny eIF4E
Autor: Jan Holčák; Vedoucí práce: Pospíšek Martin; Oponent práce: Kléma Jiří
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2020-09-01)Výběr vhodného nástroje hledajícího neobjevené motivy v RNA sekvencích je obtížný. Náročná instalace programů může vést k problémům s nasazením. Dostupné sady nástrojů nejsou připraveny na hromadné výpočty. Nástroje schopné ... -
Inference interakčních sítí z multi-omických dat pomocí bayesovských sítí
Autor: Alikhan Anuarbekov; Vedoucí práce: Kléma Jiří; Oponent práce: Drchal Jan
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2023-06-13)V nedávném článku byla představena metoda circGPA pro efektivní anotaci cirkulárních RNA z jejich interakční sítě. Cirkulární RNA s dosud neznámou funkcí jsou anotovány ontologickými termy na základě předpokladu, že ... -
miXGENE - vývoj internetového nástroje pro integraci a analýzu genomických dat
Autor: Gologuzov Valentin; Vedoucí práce: Kléma Jiří; Oponent práce: Pošík Petr
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum., 2014-06-27) -
Optimalizace procesu vyhodnocování vzorků v laboratoři: analýza problému založená na datech
Autor: Karel Gavenčiak; Vedoucí práce: Šůcha Přemysl; Oponent práce: Kléma Jiří
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2019-06-13)Využití optimalizačních postupů v nemocničním prostředí je dnes široce zkoumané téma, nicméně problémy týkající se laboratoří zůstávají pozadu. Tato práce si klade za cíl právě tuto oblast a věnuje se optimalizaci pracovního ... -
Personalizované plánování tras využívající strojového učení
Autor: Temirlan Kurbanov; Vedoucí práce: Jakob Michal; Oponent práce: Kléma Jiří
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2020-06-15)Majorita současných navigačních systému je zaměřená na plánování nejrychlejší cesty. Zatímco důležitost doby cesty nelze popřít, není vždy hlavní prioritou uživatele. Ačkoli existuje limitované množství dostupných úprav ... -
Porovnání směrových a asociativních metod na single-cell RNA sekvenčních datech
Autor: Eliška Dvořáková; Vedoucí práce: Song Joe; Oponent práce: Kléma Jiří
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2020-09-01)Tato práce je zaměřena na porovnání a vyhodnocení směrových a asociativních metod na \textit{single-cell RNA} sekvenčních (scRNA-seq) datech. ScRNA-seq umožňuje studovat biologii na jednobuněčné úrovni. Přestože tento ... -
Portfoliové algoritmy pro kombinatorickou optimalizaci
Autor: Šrank Marek; Vedoucí práce: Pošík Petr; Oponent práce: Kléma Jiří
Tato diplomová práce zkoumá vybrané portfolio algoritmy pro kombinatorickou optimalizaci. Cílem je zjistit, zda tyto algoritmy poskytují efektivní alternativu k nejčastěji používaným restartovacím strategiím. Porovnává ... -
Rozšíření populačního genotypového fázování o fragmentové fázování
Autor: Lebedeva Anastasia; Vedoucí práce: Gavenčiak Tomáš; Oponent práce: Kléma Jiří
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2018-06-13)Haplotypem rozumíme skupinu alel, které jsou přenášeny společně. Přestože většina genet-ického výzkumu vyžaduje znalost haplotypů, v současnosti dostupné technologie sekvenování DNA tuto informaci explicitně neposkytují. ... -
Učení rozkladu komplexních tkání z expresních profilů a jeho využití při vyhledávání biomarkerů
Autor: Evžen Šírek; Vedoucí práce: Kléma Jiří; Oponent práce: Hrubá Petra
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2020-06-10)Sekvenování RNA je běžně používaná technologie. Často slouží zejména pro měření genové exprese, a následně pro analýzu diferenciální genové exprese. RNA sekvenování se většinou provádí na vzorcích z komplexních tkání, u ... -
Vysvětlitelné a přenositelné modely intronů hub
Autor: Barbora Mašková; Vedoucí práce: Kléma Jiří; Oponent práce: Pospíšek Martin
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2024-01-24)Cílem této práce je analyzovat implementovanou rekurentní konvoluční neuronovou síť navrženou pro detekci intronů v metagenomech hub a poskytnout vysvětlení za pomoci sekvenčních log. Hlavním cílem je najít minimální počet ... -
Využití metylačních dat v molekulárních modelech fenotypu
Autor: Yusupov Mukhiddin; Vedoucí práce: Kléma Jiří; Oponent práce: Pošík Petr
Nedávný technologický rozvoj umožnil systematické využití apriorní znablosti v biologickém výzkumu. Cílem je hlubší vhled do podstaty biologických procesů. Jednou z nejčastějších oblastí využití znalostních přístupů je ... -
Využití metylačních dat v molekulárních modelech fenotypu
Autor: Yusupov Mukhiddin; Vedoucí práce: Kléma Jiří; Oponent práce: Pošík Petr
Nedávný technologický rozvoj umožnil systematické využití apriorní znablosti v biologickém výzkumu. Cílem je hlubší vhled do podstaty biologických procesů. Jednou z nejčastějších oblastí využití znalostních přístupů je ...