Krystalografické testování vazby ligandů S1-P1 nukleasy
Crystallographic fragment screening of S1-P1 nuclease
Type of document
bakalářská prácebachelor thesis
Author
Karolína Špeldová
Supervisor
Koval´ Tomáš
Opponent
Pavlíček Jiří
Field of study
Inženýrství pevných látekStudy program
Aplikace přírodních vědInstitutions assigning rank
katedra inženýrství pevných látekRights
A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmlVysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html
Metadata
Show full item recordAbstract
Nukleasy jsou hydrolasy štěpící fosfodiesterové vazby nukleových kyselin. Ke studiu vazeb komplexů nukleasy z rodiny S1-P1 s ligandy byla využita metoda testování vazeb fragmentů. Tato metoda má široké využití například při objevování nových léků. Nukleasy z rodiny S1-P1 se vyskytují v rostlinách, houbách, bakteriích či trypanosomách. Komplexy byly vytvořeny namáčením krystalů nukleasy do roztoku ligandů a vitrifikovány. Takto vzniklé krystaly komplexů byly podrobeny rentgenové strukturní analýze na zdroji synchrotronového záření BESSY II v Berlíně. Pomocí molekulárního nahrazení byly po zpracování získaných difrakčních dat určeny struktury těchto komplexů. Bylo ukázáno navázání některých ligandů do aktivního místa nukleasy z rodiny S1-P1. Nucleases are hydrolases that cleave the phosphodiester bonds of nucleic acids. A nuclease of the S1-P1 family hase been used to fragment screening. This method has wide applications, for example, in drug discovery. Members of the S1-P1 nuclease family are found in plants, fungi, bacteria and trypanosomes. The complexes were formed by soaking nuclease crystals into a ligand solution and then vitrified. The crystals of the complexes were subjected to X-ray structure analysis on a synchrotron radiation source BESSY II in Berlin. The structures of these complexes were determined by molecular replacement after processing the obtained diffraction data. Binding of some ligands into the active site of the S1-P1 nuclease was shown.