Krystalografické testování vazby ligandů S1-P1 nukleasy

Abstract

Nukleasy jsou hydrolasy štěpící fosfodiesterové vazby nukleových kyselin. Ke studiu vazeb komplexů nukleasy z rodiny S1-P1 s ligandy byla využita metoda testování vazeb fragmentů. Tato metoda má široké využití například při objevování nových léků. Nukleasy z rodiny S1-P1 se vyskytují v rostlinách, houbách, bakteriích či trypanosomách. Komplexy byly vytvořeny namáčením krystalů nukleasy do roztoku ligandů a vitrifikovány. Takto vzniklé krystaly komplexů byly podrobeny rentgenové strukturní analýze na zdroji synchrotronového záření BESSY II v Berlíně. Pomocí molekulárního nahrazení byly po zpracování získaných difrakčních dat určeny struktury těchto komplexů. Bylo ukázáno navázání některých ligandů do aktivního místa nukleasy z rodiny S1-P1.

Nucleases are hydrolases that cleave the phosphodiester bonds of nucleic acids. A nuclease of the S1-P1 family hase been used to fragment screening. This method has wide applications, for example, in drug discovery. Members of the S1-P1 nuclease family are found in plants, fungi, bacteria and trypanosomes. The complexes were formed by soaking nuclease crystals into a ligand solution and then vitrified. The crystals of the complexes were subjected to X-ray structure analysis on a synchrotron radiation source BESSY II in Berlin. The structures of these complexes were determined by molecular replacement after processing the obtained diffraction data. Binding of some ligands into the active site of the S1-P1 nuclease was shown.