Difrakční studie modifikace kovového klastru S1 nukleasy
X-ray structure analysis of S1 nuclease after modification by chelating agents
Typ dokumentu
bakalářská prácebachelor thesis
Autor
Jakub Hrubý
Vedoucí práce
Kolenko Petr
Oponent práce
Petrvaldská Olivia
Studijní obor
Inženýrství pevných látekStudijní program
Aplikace přírodních vědInstituce přidělující hodnost
katedra inženýrství pevných látekPráva
A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmlVysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html
Metadata
Zobrazit celý záznamAbstrakt
Nukleasa S1 je metaloenzym široce používaný v biotechnologickém průmyslu. Byly vypěstovány krystaly této nukleasy za přítomnosti chelačního činidla EDTA (kyselina ethylendiamintetraoctová), se kterými byly následně provedeny difrakční experimenty. Vyhodnocení získaných difrakčních dat naznačuje, že došlo k částečné chelaci kovových iontů přirozeně přítomných ve struktuře nukleasy. Navíc analýza anomální mapy elektronové hustoty získaná z krystalu chelovaného proteinu s dodatečným přidáním nadbytku niklu ukazuje, že na místa iontů zinku je pravděpodobně možné navázat ionty niklu, a to zejména na pozici nejblíže povrchu proteinu. S1 nuclease is a metaloenzyme commonly used in biotechnological applications. Crystals of this nuclease affected by chelating agent EDTA (ethylenediamintetraacetic acid) were grown and X-ray diffraction experiments were subsequently performed. Diffraction data analysis shows that zinc ions, natively present in the S1 structure, were partially chelated and removed from the binding sites. In addition, results from the anomalous difference map obtained from chelated protein with added excess of nickel suggest that it is highly likely that nickel ions may bind in the positions of the original zinc ions. This phenomenon is most noticeable at the position closest to the surface of the nuclease.