Difrakční studie modifikace kovového klastru S1 nukleasy

Abstract

Nukleasa S1 je metaloenzym široce používaný v biotechnologickém průmyslu. Byly vypěstovány krystaly této nukleasy za přítomnosti chelačního činidla EDTA (kyselina ethylendiamintetraoctová), se kterými byly následně provedeny difrakční experimenty. Vyhodnocení získaných difrakčních dat naznačuje, že došlo k částečné chelaci kovových iontů přirozeně přítomných ve struktuře nukleasy. Navíc analýza anomální mapy elektronové hustoty získaná z krystalu chelovaného proteinu s dodatečným přidáním nadbytku niklu ukazuje, že na místa iontů zinku je pravděpodobně možné navázat ionty niklu, a to zejména na pozici nejblíže povrchu proteinu.

S1 nuclease is a metaloenzyme commonly used in biotechnological applications. Crystals of this nuclease affected by chelating agent EDTA (ethylenediamintetraacetic acid) were grown and X-ray diffraction experiments were subsequently performed. Diffraction data analysis shows that zinc ions, natively present in the S1 structure, were partially chelated and removed from the binding sites. In addition, results from the anomalous difference map obtained from chelated protein with added excess of nickel suggest that it is highly likely that nickel ions may bind in the positions of the original zinc ions. This phenomenon is most noticeable at the position closest to the surface of the nuclease.