Show simple item record

Application for determination of genomic parameters



dc.contributor.advisorTesař Jan
dc.contributor.authorMatěj Nemec
dc.date.accessioned2020-10-15T20:51:59Z
dc.date.available2020-10-15T20:51:59Z
dc.date.issued2019-06-19
dc.identifierKOS-695600184005
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10467/91182
dc.description.abstractNSAT: Nucleotide Sequence Analysis Tool Cílem práce bylo vytvořit uživatelsky přívětivý program umožňující porovnání velkého počtu celogenomových sekvencí pro účely bakteriální systematiky. Pro vytvoření programu nazvaného NSAT byly na základě literární rešerše vybrány následující nejvhodnější parametry pro popis a srovnání kompletních či částečných genomů: průměrná nukleotidová shoda založená na algoritmu BLAST (ANIb), korelace četnosti tetranukleotidů (Tetra) and procentuální obsah nukleotidů G a C. Tyto parametry byly podrobně popsány a diskutovány. Program NSAT byl implementován v programovacím jazyce C# s využitím knihovny .NET framework a zkompilován pro platformu Microsoft Windows. Součástí NSAT je také jednoduchégrafické uživatelské rozhraní, které umožňuje snadné ovládání i personálem bez bioinformatické erudice. Testování programu na referenčním souboru sekvencí potvrdilo jeho funkčnost a výpočetní přesnost.cze
dc.description.abstractNSAT: Nucleotide Sequence Analysis Tool This thesis is focused on in silico comparison of genomes for the purposes of bacterial systematics. Its goal was to create a user-friendly, offline software package that provides large-scale analysis of complete or draft whole-genome sequences. We examined most common methods and genomic parameters used for these purposes in order to design the application named NSAT. The selected algorithms were reviewed in detail and broken down to the individual steps and mathematical formulas. The NSAT program uses the Average Nucleotide Identity, Tetranucleotide frequency correlation and GC content in percentage parameters. It was implemented in the C# programming language using .NET framework library and compiled to run on the Microsoft Windows platform. NSAT was designed with a simple graphical user interface and can be operated by non-bioinformatician personnel. Its functionality and result accuracy were tested using a set of reference sequences and found satisfactory.eng
dc.publisherČeské vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.cze
dc.publisherCzech Technical University in Prague. Computing and Information Centre.eng
dc.rightsA university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmleng
dc.rightsVysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmlcze
dc.subjectANIbcze
dc.subjectTETRAcze
dc.subjectsrovnávání DNA sekvencícze
dc.subjectin silicocze
dc.subjectbioinformatikacze
dc.subjectANIbeng
dc.subjectTETRAeng
dc.subjectDNA sequence comparisoneng
dc.subjectin silicoeng
dc.subjectbioinformaticseng
dc.titleAplikace pro výpočet genomických parametrůcze
dc.titleApplication for determination of genomic parameterseng
dc.typebakalářská prácecze
dc.typebachelor thesiseng
dc.contributor.refereeŠpanělová Petra
theses.degree.disciplineBiomedicínská informatikacze
theses.degree.grantorkatedra biomedicínské informatikycze
theses.degree.programmeBiomedicínská a klinická technikacze


Files in this item





This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record