ČVUT DSpace
  • Search DSpace
  • Čeština
  • Login
  • Čeština
  • Čeština
View Item 
  •   ČVUT DSpace
  • Czech Technical University in Prague
  • Faculty of Biomedical Engineering
  • Department of Biomedical Informatics
  • Bachelor Theses - 17112
  • View Item
  • Czech Technical University in Prague
  • Faculty of Biomedical Engineering
  • Department of Biomedical Informatics
  • Bachelor Theses - 17112
  • View Item
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Aplikace pro výpočet genomických parametrů

Application for determination of genomic parameters

Type of document
bakalářská práce
bachelor thesis
Author
Matěj Nemec
Supervisor
Tesař Jan
Opponent
Španělová Petra
Field of study
Biomedicínská informatika
Study program
Biomedicínská a klinická technika
Institutions assigning rank
katedra biomedicínské informatiky



Rights
A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html
Vysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html
Metadata
Show full item record
Abstract
NSAT: Nucleotide Sequence Analysis Tool Cílem práce bylo vytvořit uživatelsky přívětivý program umožňující porovnání velkého počtu celogenomových sekvencí pro účely bakteriální systematiky. Pro vytvoření programu nazvaného NSAT byly na základě literární rešerše vybrány následující nejvhodnější parametry pro popis a srovnání kompletních či částečných genomů: průměrná nukleotidová shoda založená na algoritmu BLAST (ANIb), korelace četnosti tetranukleotidů (Tetra) and procentuální obsah nukleotidů G a C. Tyto parametry byly podrobně popsány a diskutovány. Program NSAT byl implementován v programovacím jazyce C# s využitím knihovny .NET framework a zkompilován pro platformu Microsoft Windows. Součástí NSAT je také jednoduchégrafické uživatelské rozhraní, které umožňuje snadné ovládání i personálem bez bioinformatické erudice. Testování programu na referenčním souboru sekvencí potvrdilo jeho funkčnost a výpočetní přesnost.
 
NSAT: Nucleotide Sequence Analysis Tool This thesis is focused on in silico comparison of genomes for the purposes of bacterial systematics. Its goal was to create a user-friendly, offline software package that provides large-scale analysis of complete or draft whole-genome sequences. We examined most common methods and genomic parameters used for these purposes in order to design the application named NSAT. The selected algorithms were reviewed in detail and broken down to the individual steps and mathematical formulas. The NSAT program uses the Average Nucleotide Identity, Tetranucleotide frequency correlation and GC content in percentage parameters. It was implemented in the C# programming language using .NET framework library and compiled to run on the Microsoft Windows platform. NSAT was designed with a simple graphical user interface and can be operated by non-bioinformatician personnel. Its functionality and result accuracy were tested using a set of reference sequences and found satisfactory.
 
URI
http://hdl.handle.net/10467/91182
View/Open
PLNY_TEXT (5.823Mb)
PRILOHA (880.9Kb)
POSUDEK (222.8Kb)
POSUDEK (224.7Kb)
Collections
  • Bakalářské práce - 17112 [63]

České vysoké učení technické v Praze copyright © 2016 

DSpace software copyright © 2002-2016  Duraspace

Contact Us | Send Feedback
Theme by 
@mire NV
 

 

Useful links

CTU in PragueCentral library of CTUAbout CTU Digital LibraryResourcesStudy and library skillsResearch support

Browse

All of DSpaceCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjects

My Account

Login

České vysoké učení technické v Praze copyright © 2016 

DSpace software copyright © 2002-2016  Duraspace

Contact Us | Send Feedback
Theme by 
@mire NV