Implementace automatových algoritmů na hledání jader

Abstract

Tato bakalářská práce se věnuje vyhledávání pravidelností v řetězcích, konkrétně vyhledávání jader. Obsahuje popis algoritmů vyhledávajících přesná i přibližná jádra s určitou maximální Hammingovou vzdáleností. Algoritmy jsou založené na konečných automatech a vychází přímo z definice jader. Práce také obsahuje jejich implementaci do Algoritmové knihovny katedry Teoretické informatiky na Fakultě informačních technologií ČVUT v Praze.

This thesis deals with the problem of searching regularities in strings, speci-fically searching seeds. It contains a description of finite automata based solution to searching exact, restricted and approximate seeds regarding given maximum Hamming distance. Given algorithms are implemented in Algorithm library of Department of Theoretical Computer Science, CTU in Prague.