Molekulárně genetické metody studia vlivu infekce Leishmania major na mikrobiom trávicího traktu myší

Abstract

Leishmanióza je jednou z nejvíce opomíjených nemocí. Je způsobena parazitickým prvokem rodu Leishmania. Toto onemocnění je problém v 98 zemích po celém světě. Každý rok toto onemocnění způsobí asi 50000 úmrtí. Je známo, že střevní mikrobiota mají vliv na imunitní systém a případná mikrobiální dysbióza způsobená onemocněním nebo infekcí parazity může mít negativní vliv na zdraví hostitele. Představujeme metody molekulární biologie pro zkoumání vlivu L. major na střevní mikrobiom. Naším cílem bylo identifikovat změny osídlení tlustého a tenkého střeva způsobené infekcí parazitem L. major. Všechny parametry byly analyzovány 8 týdnů po infekci L. major. Zaměřili jsme se na analýzu mikrobiomu pomocí metody PCR-DGGE, vybrané zóny gelu byly následně identifikovány pomocí Sangerova sekvenování pro vytvoření dendrogramu a shlukové analýzy. Mikroby byly dále analyzovány sekvenováním nové generace (Ion Torrent PGM). Data byla analyzována softwarem QIIME.

Leishmaniasis is one of the most neglected diseases. It is caused by protozoan parasite of genus Leishmania. The disease is a health problem in 98 countries worldwide. It caused about 50000 deaths each year. Intestinal microbiota plays a key role in development of immune system. The microbiota dysbiosis caused by disease or parasite infection can have negative effect on host's health. We present use methods of molecular biology for examination of influence of L. major infection in gut. We aim to identify colonization changes in colon and small intestine after L. major infection. All these parameters were analysed 8 weeks after infection of L. major. We focused on the PCR-DGGE method, selected bands were identified by Sanger sequencing which lead to dendrogram creation and cluster analysis. Microbes were further analysed by sequencing of the new generation (Ion Torrent PGM). Data was analysed by QIIME software.