Show simple item record

Computational Detection of Pathways for Flexible Ligands in Protein Structures



dc.contributor.advisorVonásek Vojtěch
dc.contributor.authorJankovec Tom
dc.date.accessioned2018-06-19T22:03:05Z
dc.date.available2018-06-19T22:03:05Z
dc.date.issued2018-06-19
dc.identifierKOS-773337354905
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10467/77035
dc.description.abstractCharakteristiky proteinových molekul a jiných biochemických sloučenin jsou zkoumány skrze proteinové tunely, případně ligandové cesty. Pro zajištění věrohodnosti výsledků je nutné při hledáni uvažovat tvar i flexibilitu ligandových molekul, což v současnosti nejčastěji používané softwarové nástroje neumožňují. Jedním z přístupů, schopných tyto podmínky zajistit, je plánování pohybů pro mobilní roboty. V této práci je představen nový algoritmus pro výpočet ligandových cest, který uvažuje tvar, flexibilitu a potenciální energii ligandu. Pro zrychlení algoritmu je využívána předem dostupná znalost volného místa v receptorových molekulách. Algoritmus umožňuje výpočet intermolekulární potenciální energie systému receptor-ligand pro vygenerované ligandové cesty. Prezentovaný algoritmus byl otestován na reálném datasetu několika set konformací a tunelů třech proteinových receptorů a sedmi ligandových molekul a porovnán se state-of-the-art nástrojem MoMA-LigPath.cze
dc.description.abstractCharacteristics of protein molecules and other biochemical compounds are investigated via protein tunnels or ligand pathways. To ensure trustworthiness of the results, it is imperative that both the shape and flexibility of ligand molecules are taken into account. A majority of the currently utilized software tools do not allow this. Motion planning for mobile robots is one of the approaches enabling the use of these characteristics. This thesis presents a novel algorithm for ligand pathways detection, which takes into account the shape, flexibility and the intramolecular energy of ligand molecules. To speed up the algorithm, a precomputed knowledge about free spaces in protein molecules is used. The algorithm also enables the computation of potential energy of the intermolecular receptor-ligand system for the generated pathways. The presented algorithm was tested on a real dataset of several hundred conformations and tunnels of three protein receptors and seven ligand molecules. The algorithm's performance was compared to the state-of-the-art tool MoMA-LigPath.eng
dc.language.isoENG
dc.publisherČeské vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.cze
dc.publisherCzech Technical University in Prague. Computing and Information Centre.eng
dc.rightsA university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmleng
dc.rightsVysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmlcze
dc.subjectplánování pohybů,proteinové molekuly,ligandové cesty,proteinové tunelycze
dc.subjectmotion planning,protein molecules,ligand pathways,protein tunnelseng
dc.titleVýpočet cest flexibilních ligandů v proteinových strukturáchcze
dc.titleComputational Detection of Pathways for Flexible Ligands in Protein Structureseng
dc.typediplomová prácecze
dc.typemaster thesiseng
dc.date.accepted
dc.contributor.refereeJurčík Adam
theses.degree.disciplineRobotikacze
theses.degree.grantorkatedra kybernetikycze
theses.degree.programmeKybernetika a robotikacze


Files in this item









This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record