Zobrazit minimální záznam

Parallel Simulation of Biomacromolecules using the DFTB method



dc.contributor.advisorČerný Jiří
dc.contributor.authorPekař Jakub
dc.date.accessioned2017-04-25T17:39:56Z
dc.date.available2017-04-25T17:39:56Z
dc.date.issued2017-01-09
dc.identifierKOS-587865160105
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10467/68224
dc.description.abstractCilem teto prace je akcelerace DFTB metody pouzivane k simulaci biomakromolekul. Casove nejnarocnejsi casti simulace jsou identifikovany a akcelerovany s pouzitim internich moznosti puvodniho reseni, paralelizace pomoci OpenMP a moznosti pouzit knihovnu MAGMA, ktera vyuziva hybridnich CPU/GPU algoritmu ke zrychleni operaci linearni algebry. Jednotlive metody akcelerace jsou popsany a otestovany na systemech vod ruznych velikosti. Vysledky testu, prokazujici zrychleni oproti jinym knihovnam implementujicim operace linearni algebry, minimalni dopad paralelizace kodu a problemy s pouzitim interni akcelerace, jsou prezentovany v zaveru prace.cze
dc.description.abstractThe purpose of this work is to accelerate DFTB method used for biomacromolecule simulation by paralellization. The most time consuming parts of simulation are identified and parallelized using internal options and CPU and GPU acceleration of used linear algebra routines and the code itself. Possibility to use MAGMA - hybrid GPU/CPU linear algebra library and OpenMP parallelization of the code were implemented. All of those methods are described and tested on water systems of different size. Test results of MAGMA acceleration, parallelization and problems with internal optimizations are presented at the end of the work.eng
dc.language.isoENG
dc.publisherČeské vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.cze
dc.publisherCzech Technical University in Prague. Computing and Information Centre.eng
dc.rightsA university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmleng
dc.rightsVysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmlcze
dc.subjectDFTB, paralelní simulace, GROMACS, MAGMA, GPU akceleracecze
dc.subjectDFTB, parallel simulation, GROMACS, MAGMA, GPU accelerationeng
dc.titleParalelní simulace biomakromolekul metodou DFTBcze
dc.titleParallel Simulation of Biomacromolecules using the DFTB methodeng
dc.typediplomová prácecze
dc.typemaster thesiseng
dc.date.accepted2017-02-15
dc.contributor.refereeŠimeček Ivan
theses.degree.disciplinePočítačové systémy a sítěcze
theses.degree.grantorkatedra počítačových systémůcze
theses.degree.programmeInformatikacze


Soubory tohoto záznamu




Tento záznam se objevuje v následujících kolekcích

Zobrazit minimální záznam