ČVUT DSpace
  • Search DSpace
  • Čeština
  • Login
  • Čeština
  • Čeština
View Item 
  •   ČVUT DSpace
  • Czech Technical University in Prague
  • Faculty of Nuclear Sciences and Physical Engineering
  • Department of Mathematics
  • Bachelor Theses - 14101
  • View Item
  • Czech Technical University in Prague
  • Faculty of Nuclear Sciences and Physical Engineering
  • Department of Mathematics
  • Bachelor Theses - 14101
  • View Item
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Stochastické modely chemické kinetiky

Stochastic modelling of chemical kinetics

Type of document
bakalářská práce
bachelor thesis
Author
Čajánek Ondřej
Supervisor
Vejchodský Tomáš
Opponent
Klika Václav
Field of study
Matematické inženýrství
Study program
Aplikace přírodních věd
Institutions assigning rank
katedra matematiky
Defended
2017-02-14



Rights
A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html
Vysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html
Metadata
Show full item record
Abstract
Obsahem této práce je studie tří základních stochastických modelů chemické kinetiky. Konkrétn ě se věnujeme porovnání Gillespieho stochastického simulačního algoritmu a základní chemické rovnici s jejich aproximací ve formě chemické Langevinovy rovnice. Zaměřujeme se na stochastický popis reakčních sítí s malými populacemi některých reagujících chemikálií. Zde na základě výpočtu stacionárního rozdělení pro genetické regulační sítě s a bez zpětné vazby ukazujeme, že chemická kinetika takovýchto systémůje ovlivněna jejich velikostí. Zejména studujeme výskyt většího počtu stabilních stavů, které jsou generované náhodným šumem. Ukazujeme, že toto dobře popisuje Gillespieho algoritmus a základní chemická rovnice, zatímco chemická Langevinova rovnice není schopna větší počet stabilních stavů zachytit.
 
Three fundamental stochastic models are presented and studied in this thesis. More specifically, we compare Gillespie?s stochastic simulation algorithm and the equivalent chemical master equation with an approximation in the form of the chemical Langevin equation. We focus on a stochastic description of reaction networks with small populations of certain chemical species. Based on the computed stationary distribution of a gene regulatory network with and without feedback we show that the chemical kinetics of such a system is highly influenced by its size. The noise-induced multimodality can be captured by Gillespie?s algorithm and the chemical master equation. In contrast to that the chemical Langevin equation fails to predict this type of multimodality.
 
URI
http://hdl.handle.net/10467/68209
Collections
  • Bakalářské práce - 14101 [245]

České vysoké učení technické v Praze copyright © 2016 

DSpace software copyright © 2002-2016  Duraspace

Contact Us | Send Feedback
Theme by 
@mire NV
 

 

Useful links

CTU in PragueCentral library of CTUAbout CTU Digital LibraryResourcesStudy and library skillsResearch support

Browse

All of DSpaceCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjects

My Account

Login

České vysoké učení technické v Praze copyright © 2016 

DSpace software copyright © 2002-2016  Duraspace

Contact Us | Send Feedback
Theme by 
@mire NV