Optimalizace parametrů zpracování difrakčních dat oxidázy z Microdochium nivale

Malý Martin

Optimization of processing of diffaction data of oxidase from Microdochium nivale

Type of document

bakalářská práce
bachelor thesis

Author

Malý Martin

Supervisor

Kolenko Petr

Opponent

Švecová Leona

Field of study

Inženýrství pevných látek

Study program

Aplikace přírodních věd

Institutions assigning rank

katedra inženýrství pevných látek

Defended

2016-09-01

Rights

A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://www.cvut.cz/sites/default/files/content/d1dc93cd-5894-4521-b799-c7e715d3c59e/cs/20160901-metodicky-pokyn-c-12009-o-dodrzovani-etickych-principu-pri-priprave-vysokoskolskych.pdf
Vysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://www.cvut.cz/sites/default/files/content/d1dc93cd-5894-4521-b799-c7e715d3c59e/cs/20160901-metodicky-pokyn-c-12009-o-dodrzovani-etickych-principu-pri-priprave-vysokoskolskych.pdf

Metadata

Show full item record

Abstract

Microdochium nivale je stopkovýtrusná houba napadající trávníky.Její karbohydrátová oxidáza nachází uplatnění v mnoha průmyslových odvětvích. Krystaly tohoto enzymu byly měřeny na synchrotronu Petra III. Vizuální kontrolou byl odhalen rozštěp krystalu. Data byla zpracována několika programy: XDS, Xia2 a iMOSFLM (se seškálováním pomocí Aimless). Bylo pozorováno radiační poškození krystalu. Optimální zpracování experimentu bylo provedeno pomocí XDS pri rozlišení 2,0 A a vynechání části snímků, na kterých se již výrazně projevilo radiační poškození.

Microdochium nivale from the phylum Basidiomycota is a pathogen that causes disease in turf grass. The carbohydrate oxidase from this organism has potential in industrial applications. The diffraction data of the crystallized enzyme have been measured at synchrotron Petra III. Visual inspection has revealed split reflections. The data were processed with three software packages: XDS, Xia2 and iMOSFLM (including scaling with Aimless). Radiation damage to the crystal has been observed. The optimal data processing has been done with XDS at resolution 2.0 A. Images with high influence of radiation damage have been omitted.