Paralelní vyhledávání repetic v grafech

Abstract

Tato práce studuje takzvané vzorky v sítích. Vzorky v sítích jsou souvislé podgrafy v dané síti, které se vyskytují ve výrazně vyšších četnostech, než je očekávané v náhodných sítích. Jsou popsány různé přístupy pro hledání vzorků v sítích a na základě jejich analýzy je představen nový, vylepšený, paralelní algoritmus pro hledání vzorků v sítích, nazvaný Efise. Praktické výsledky ukazují, že Efise nabízí výrazně vyšší výkonnost než ostatní nástroje. Díky efektivní metodě paralelizace dosahuje Efise lineárního zrychlení a dokáže hledat vzorky v sítích řádově rychleji než doposud nejrychlejší nástroje.

This thesis studies so-called network motifs. Network motifs are connected subgraphs of a given network that occur in significantly higher frequencies than would be expected in random networks. Different approaches to finding network motifs are described and based on their analysis a new improved parallel algorithm for finding network motifs called Efise was introduced. Practical results show, that Efise offers significantly better performance than other tools and thanks to efficient parallelization method, it also achieves linear speedups, which makes it an order of magnitude faster than previous state-of-the-art tools for finding network motifs.