Experimenty s algoritmy na vyhledávání jader v řetězcích

Abstract

V této práci jsem se zaměřil na dva algoritmy hledající vlastní přibližná jádra řetězců. Na řešení tohoto problému existují dva odlišné algoritmy. Za účelem jejich srovnání jsem provedl sadu experimentů s těmito algoritmy. Experimenty byly zaměřeny na vliv jednotlivých parametrů tohoto problému na vlastnosti těchto algoritmů, a také na jejich srovnání. Proto abych nemluvil pouze o černých skříňkách, nachází se v této práci i popis těchto algoritmů a popis problému, které řeší.

I focused on two algorithms for finding all restricted smallest distance k-approximate seeds, in this work. Two different algorithms exist for solving the problem. I performed a lot of experiments with these algorithms to compare it. Experiments were focused on impact of all parametrs of algorithms and their comparison. In order not to talk just about black boxes, there are descriptions of algorithms and problems that solve them.