Použití metody infračervené spektroskopie s Fourierovou transformací u Streptococcus pyogenes a k vankomycinu rezistentních enterokoků

Abstract

Tato bakalářská práce se zaměřuje na ověření použitelnosti infračervené spektroskopie s Fourierovou transformací (FT-IR) pro typizaci vybraných grampozitivních patogenů, konkrétně Streptococcus pyogenes a k vankomycinu rezistentních enterokoků. Metoda infračervené spektroskopie s Fourierovou transformací představuje rychlou a finančně dostupnou variantu, která by mohla usnadnit identifikaci bakteriálních kmenů s vyšší mírou virulence nebo identifikovat jejich šíření v nemocničním prostředí. Pro účely experimentální části byly použity izoláty S. pyogenes (n = 42) a k vankomycinu rezistentní Enterococcus faecium (VREfm; n = 46). Izoláty byly typizovány pomocí metody infračervené spektroskopie s Fourierovou transformací (IR Biotyper, Bruker Daltonics GmbH) a porovnány s výsledky referenčních molekulárních metod, emm typizací u S. pyogenes a multilokusovou sekvenační typizací (MLST) u VREfm. Výsledky ukázaly, že infračervená spektroskopie s Fourierovou transformací nebyla schopna spolehlivě rozlišit jednotlivé emm typy S. pyogenes a sekvenční typy VREfm, jak z hlediska shody s referenčními typizačními metodami, tak i z pohledu reprodukovatelnosti. Na základě těchto zjištění lze konstatovat, že metoda FT-IR v současné podobě není vhodná pro rutinní epidemiologické sledování těchto grampozitivních patogenů.

This bachelors thesis focuses on evaluating the applicability of Fourier-transform infrared (FT-IR) spectroscopy for the typing of selected gram-positive pathogens, specifically Streptococcus pyogenes and vancomycin-resistant enterococci. Fourier-transform infrared represents a rapid and cost-eective method that could facilitate the identification of bacterial strains with increased virulence or track their spread in hospital settings. For the experimental part, isolates of S. pyogenes (n = 42) and vancomycin-resistant Enterococcus faecium (VREfm; n = 46) were used. The isolates were typed using the Fourier-transform infrared method (IR Biotyper, Bruker Daltonics GmbH) and compared with the results of reference molecular techniques emm typing for S. pyogenes and multilocus sequence typing (MLST) for VREfm. The results showed that Fourier-transform infrared spectroscopy was not able to reliably distinguish individual emm types of S. pyogenes and sequence types of VREfm, either in terms of agreement with the reference typing methods or in terms of reproducibility. Based on these findings, Fourier-transform infrared cannot currently be considered a suitable method for routine epidemiological surveillance of these gram-positive pathogens.