Generátor databáze stavebních bloků přírodních látek

Abstract

Tato bakalářská práce se zabývá tvorbou webové aplikace BBDGNC pro generování stavebních bloků přírodních látek. BBDGNC poskytuje elegantní řešení rozpadu peptidových sekvencí na jednotlivé stavební bloky pomocí vyhledávání peptidových a esterových vazeb ve struktuře látek definovaných s využitím formátu SMILES. Aplikace rovněž umožňuje vyhledávání struktur podle názvu nebo sumárního vzorce na webových službách PubChem, ChEBI a Norine. Také řeší import a export dat pro program CycloBranch, pro který je velkým přínosem, protože již nebude potřeba vytvářet a spravovat vstupy manuálně. Aplikace byla napsána s pomocí frameworku CodeIgniter a knihovny pro vykreslování chemických struktur Smiles Drawer, která byla pro potřeby této aplikace upravena.

This bachelor's thesis deals with creating a BBDGNC web application for generating building blocks of natural compounds. BBDGNC provides and elegant solution for breakup peptides to building blocks with little help of searching peptide and ester bonds in structure using SMILES format. Application will facilitate searching for chemical structures by name or formula from web services as PubChem, ChEBI and Norine. Next, the application solve import and export to CycloBranch, which is large benefit, where entering inputs manually will be no longer required. The application was written in CodeIgniter framework and for drawing molecular structure using Smiles Drawer library, which is updated for needs of BBDGNC.