Modelování toku auxinů buňkou

Abstract

Modely založené na dosavadních znalostech mechanismů odpovědných za tok auxinu buňkou nejsou dokonale přesné. Jedním z jejich nedostatků je, že dílčí poznatky jsou často učiněny jen na základě porovnání výsledků simulací na úrovni pletiva s reálnými vzory pozorovanými u vyšších rostlin. Protože transport auxinu na úrovni pletiva je d ěj značněkomplikovaný, může být výhodné použít data produkovaná na úrovni jednotlivých buněk pro tvorbu detailního modelu toku auxinu buňkou. V úvodu této práce jsou stručně vysvětleny nejběžnější mechanismy transportu auxinu. Následující část popisuje některé existující modely v kontextu jejich možné modifikace tak, aby byly schopné vyhovět dostupným datům. Další kapitola je věnována odvození modelu difúzního toku auxinu. V části závěrečné je pak zmíněna implementace modelu v prostředí Matlab, jeho verifikace pomocí dat naměřených na úrovni jednotlivých buněk a dosažené výsledky jsou diskutovány.

Models based on contemporary knowledge of the mechanisms responsible for auxin flux through cell are not perfectly precise. One of their basic weaknesses is that particular findings are often made just by comparing an outcome of tissue-level simulations with real flux patterns observed in higher plants. With the tissue-level auxin transport being such a complex process, advantage could be taken of using a single cell data to create a detailed model of auxin flux through cell. In the beginning of the thesis a brief explanation of the most common auxin transport mechanisms will be given. In the following section several existing models are to be described in the context of their possible modification to suit available data. Then a model of auxin diffusion will be derived. Lastly, the implementation of the model in Matlab and its verification using single cell data will be mentioned and discussed.