Aplikace konečných smíšených modelů pro analýzu genetické informace z DNA

Abstract

Tato práce se týká analýzy dat genové exprese měřených pomocí DNAčipů. Prvníčástpředstavuje biologickýúvod do celé problematiky, počínaje přípravou genetických vzorkůaž po převod nasnímaných dat na hodnoty genové exprese. Následuje oddíl klasifikujícístatistické metody zpracování dat se zvláštním zaměřením na teorii konečných mixture modelů. Stěžejní prací pak byla implementace algoritmů na hledání parametrů právě těchto modelůaplikovaných na data z genové exprese. Výstupem je pak kromě této práce programgmmgenevytvořený ve vývojovém prostředí Matlab 7.

This thesis relates to analysis of gene expression measured by DNA microarrays. First part rep- resents the biological introduction, starting with preparation of genetic samples, up to conver- sion of scanned data to gene expression values. Following section classifies statistical methods for handling the data, with special emphasis on the theory of Finite mixture models. Fundamen- tal work is implementation of algorithms for searching parameters of these models applied to gene expression data. The output beyond this thesis is a programgmmgenecreated in Matlab 7development environment.