Bioinformatická analýza RNA-seq dat

Abstract

Bakalářská práce se věnuje analýze sekvenačních dat se zvláštním zaměřením na sekvenování nové generace (next-generation sequencing), kam se rovněž řadí RNA-seq, během kterého dochází k sekvenování celého transkriptomu. Cílem práce bylo zmapovat vývoj sekvenačních metod s popisem jednotlivých kroků bioinformatické analýzy sekvenačních dat a identifikovat softwarové nástroje, na kterých je analýza prováděna. Dílčími podcíli práce bylo rozvedení pojmů WES, WGS a RNA-seq, dále nalezení současných best practices s RNA-seq daty a provedení vlastní bioinformatické RNA-seq analýzy s následnou interpretací výsledků.

Bioinformatics analysis of RNA-seq data The bachelor's thesis is devoted to the analysis of sequencing data with a special focus on next-generation sequencing, which also includes RNA-seq, during which the entire transcriptome is sequenced. The aim of the work was to map the development of sequencing methods with a description of the individual steps of bioinformatics analysis of sequencing data and to identify software tools on which the analysis is performed. Part of the work was to develop the concepts of WES, WGS and RNA-seq, to find current best practices with RNA-seq data and to perform its own bioinformatics RNA-seq analysis with subsequent interpretation of results.