Automatizace v diagnostické PCR laboratoři: kvantitativní PCR a další techniky

Abstract

Kvantitativní polymerázová řetězová reakce v reálném čase je velmi přesnou a hojněvyužívanou metodou ke kvantifikaci virů. S přibývajícím použitím kvantitativní polymerázové řetězové reakce v reálném čase je nutné zpracovávat stále více výsledků. Zpracování výsledků z této metody je však mnohdy dosti neefektivní. Práce seznamuje čtenáře s technikami hodnocení reakce, zejména pak s pojmy jako jsou standardy, sklon, počátek a korelační koeficient. Je uveden současný stav zpracování výsledků a navrhnuto lepší řešení s využitím programu vytvořeném v programovacím jazyku Perl. Toto řešení je pak detailně rozpracováno. Řešení bude sloužit v diagnostické laboratoři ke snížení podílu ruční práce a ke snížení rizika chyb

The real-time quantitative polymerase chain reaction is a widely used accurate method for quantification of viruses. The more often the real-time quantitative polymerase chain reaction is used, the higher quantity of results are to be processed; this processing however is often ineffective. This thesis starts with an overview of processing of the reaction results, focusing mainly on aspects of standard curve parameters as standards, slope, intercept and correlation coefficient. Then, a solution for automatic processing of the assay results is designed, implemented in Perl, and commented in detail. This solution will serve in a diagnostic laboratory to decrease the hands-on time of the assays, and to decrease the likelihood of human error.