Získání apriorní obrazové informace o biologickém vzorku pro zpřesnění jeho následné trojrozměrné rekonstrukce z dat nasnímaných konfokálním mikroskopem
Obtaining a priori image information about a biological specimen for getting precise its volume reconstruction from data captured by a confocal microscope
Typ dokumentu
bakalářská prácebachelor thesis
Autor
Brůža Petr
Vedoucí práce
Čapek Martin
Oponent práce
Kubínová Lucie
Studijní obor
Biomedicínská a klinická technikaStudijní program
Biomedicínská a klinická technikaInstituce přidělující hodnost
katedra biomedicínské technikyObhájeno
2008-06-24Práva
A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmlVysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html
Metadata
Zobrazit celý záznamAbstrakt
Prace popisuje objemovou rekonstrukci biologickeho vzorku vetsho, nez je zorne pole konfokalnho mikroskopu. Algoritmy rekonstrukce, zejmena elasticka registrace, vy- lepsovan obrazu a objemova vizualizace, jsou implementovany v pouzitem programu Rapid3D. Dale predstavujeme metodu, umoznujc zachovat puvodn morfologii objektu pouzitm apriornch informac o tvaru a velikosti vzorku. Tyto informace jsou zskany ze snmku rezne plochy vzorku, porzene USB uorescencnm mikroskopem behem krajen vzorku mikrotomem.Vysledny digitaln model je vizualizovan pomoc hardwarove akce- lerovaneho objemoveho renderingu. Pouzite metody jsou demonstrovany na rekonstrukci stredn casti 17-dennho embrya laboratornho potkana. iii A system of methods leading to volume reconstruction of biological specimens larger than the eld of view of a confocal laser scanning microscope (CLSM) is presented. Algo- rithmic steps of the reconstruction, namely elastic registration, image enhancement, and volume visualization, are implemented in a new Rapid3D software package. Further, we present a method enabling us to keep true object morphology using a-priori information about the shape and size of the specimen, available from images of the cutting planes captured by a USB uorescence microscope immediately before cutting the specimen by a microtome. The resulting large digital volumes are visualized by a hardware accelerated volume rendering. The methods are demonstrated by a reconstruction of the middle part of a 17-day-old laboratory Norway rat embryo. iv
Kolekce
- Bakalářské práce - 17110 [869]