Hledání sekundarních struktur v primarních strukturách nukleových kyselin
Secondary structure search in primary nucleic acid structures
Typ dokumentu
diplomová prácemaster thesis
Autor
Anh Vu Le
Vedoucí práce
Kléma Jiří
Oponent práce
Pospíšek Martin
Studijní obor
Datové vědyStudijní program
Otevřená informatikaInstituce přidělující hodnost
katedra počítačůPráva
A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmlVysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html
Metadata
Zobrazit celý záznamAbstrakt
Struktura RNA molekul je významná z hlediska jejich funkce a regulace. Na objev konkrétní funkční struktury v genomu pak může být nahlíženo jako na objev funkce s ní spojené. Translace nezávislá na 5' čepičky je jednou z těchto funkcí. Je to známý mechanismus, který umožňuje virům převzít buněčné kapacity na výrobu proteinů. Přestože je to mechanismus typický zejména pro viry, není pouze jejich doménou - u části lidských genů bylo ukázáno in vitro, že tento způsob translace také používají. Testy vedoucí k těmto objevům jsou však náročné jak na čas, tak na zdroje. Tato práce proto představuje výpočetní pipeline, ve které je prohledáván celý lidský genom a úseky podobné IRES viru HCV nahlášeny. Hlavními kroky pipeline je inverzní skládání sekvencí, BLAST a vyhledávání na základě struktur. Jako ověření konceptu je předložena oblast v 5'UTR oblasti genu DRC3, ve kterém lze najít strukturní motivy mající potenciálně schopnost regulovat genovou translaci Structure of RNA molecules is often important for their function and regulation. Discovering a particular functional structure within a genome could then be viewed as discovering the associated function. Cap-independent translation is one of those functions. It is a well known mechanism with which viruses seize protein production capacities of cells. Though typical for viral RNA, cap-independent translation is not only a domain of viruses - a fraction of human genes was shown in vitro to use this mechanism as well. Tests leading to these discoveries are however both time and resource consuming. This work proposes a computational pipeline, that searches the human genome and outputs potential IRES candidates. The main steps of the pipeline involve inverse folding, BLAST and structural search. As a proof of principle, we present findings within 5'UTR region of DRC3 gene that contain structural motifs, which may exhibit transcription regulatory capabilities.
Kolekce
- Diplomové práce - 13136 [833]