Vyhodnocení přesnosti odhadu objemu Langerhansových ostrůvku z mikroskopických obrazů
Accuracy evaluation of Langerhans islet volume estimation from microscopic images
Type of document
diplomová prácemaster thesis
Author
Hlushak Hanna
Supervisor
Kybic Jan
Opponent
Rožánek Martin
Field of study
Biomedicínské inženýrstvíStudy program
Biomedicínská a klinická technika (studium v angličtině)Institutions assigning rank
katedra biomedicínské technikyDefended
2016-06-22Rights
A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.htmlVysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html
Metadata
Show full item recordAbstract
For successful islet transplantation it is important to input sufficient quantity of islets, hence it is required to know the volume of the transplanted islets. Several methods for estimating the volume from 2D microscopy images are used (the Ricordi table, spherical and ellipsoid models). The aim of this work is to evaluate the accuracy of these methods. With the help of Optical Tomography microscope we made 401 projections of individual islets and created 3D models by image reconstruction. We calculated the individual islet volumes by the isotropic Fakir method and compared them with results from the evaluated 2D methods for 65 real islets and 35 synthetically generated islets. Ellipse fitting method for islet volume estimation performed by plugins of Fiji software was shown to be the most suitable among the evaluated 2D methods. For successful islet transplantation it is important to input sufficient quantity of islets, hence it is required to know the volume of the transplanted islets. Several methods for estimating the volume from 2D microscopy images are used (the Ricordi table, spherical and ellipsoid models). The aim of this work is to evaluate the accuracy of these methods. With the help of Optical Tomography microscope we made 401 projections of individual islets and created 3D models by image reconstruction. We calculated the individual islet volumes by the isotropic Fakir method and compared them with results from the evaluated 2D methods for 65 real islets and 35 synthetically generated islets. Ellipse fitting method for islet volume estimation performed by plugins of Fiji software was shown to be the most suitable among the evaluated 2D methods.
Collections
- Diplomové práce - 17110 [1011]
Related items
Showing items related by title, author, creator and subject.
-
Automated Analysis of Microscopic Images of Isolated Pancreatic Islets
Author: Habart D.; Švihlík J.; Schier J.; Cahová M.; Girman P.; Zacharovová K.; Berková Z.; Kříž J.; Fabryová E.; Kosinová L.; Papáčková Z.; Kybic J.; Saudek F.
(Cognizant Communication Corporation, 2016)Clinical islet transplantation programs rely on the capacities of individual centers to quantify isolated islets. Current computer-assisted methods require input from human operators. Here we describe two machine learning ... -
Autobusové nádraží Žatec
Author: Wied Petr; Supervisor: Svetlík Marián; Opponent: Langr Nebeská Jana
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2016-08-25)Předmětem bakalářské práce "Autobusové nádraží Žatec" je identifikace a analýza problémů stávajícího uspořádání autobusového terminálu ve městě Žatec. Původní terminál v roce 2015 prošel rekonstrukcí, jejíž výsledek bude ... -
Histologie slinivky břišní, Langerhansových ostrůvků a problematika diabetes mellitus
Author: Paiskr Jiří; Supervisor: Becke Richard; Opponent: Dylevský Ivan
(České vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.Czech Technical University in Prague. Computing and Information Centre., 2016-05-18)Bakalářská práce s názvem "Histologie slinivky břišní, Langerhansových ostrůvků a problematika diabetes mellitus" se zabývá průkazem endokrinní části pankreatu, která je tvořena různými typy buněk uspořádaných do tzv. ...