MassSpecBlocks: Databáze sekvencí a stavebních bloků mikrobiálních metabolitů pro analýzu hmotnostních spekter

Abstract

Pro potřeby charakterizace neribozomálních peptidů z hmotnostních spekter vznikla nová aplikace MassSpecBlocks - webová open-source aplikace vycházející z aplikace "Building Blocks Database Generator of Natural Compounds" (Bbdgnc) s možností vyhledávání chemických struktur ve veřejných databázích jako PubChem, ChemSpider, ChEBI a Norine. Struktury se mohou rozpadat na bloky v místech peptidových a esterových vazeb s možností editace. MassSpecBlocks může fungovat jako samostatná databáze, kam si mohou uživatelé přidávat a kde mohou spravovat své vlastní struktury, pro jejich potřeby například v hmotnostní spektrometrii.

A new open-source and web-based application MassSpecBlocks has been developed to characterize nonribosomal peptides from mass spectra. The application is based on the "Building Blocks Database Generator of Natural Compounds" (Bbdgnc) and can search chemical structures in public databases like PubChem, ChemSpider, ChEBI, and Norine. Structures can be crumbled into blocks in places like peptide or ester bonds, with the possibility to edit these places. MassSpecBlocks can work as a standalone database, where users can add and manage their structures for mass spectrometry experiments or other purposes