Show simple item record

Development of detailed dynamic models of plasmid DNA

dc.contributor.advisorŠtěpán Václav
dc.contributor.authorKlára Stefanová
dc.date.accessioned2019-09-10T10:51:25Z
dc.date.available2019-09-10T10:51:25Z
dc.date.issued2019-09-05
dc.identifierKOS-778483567305
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10467/85312
dc.description.abstractPlasmidy, uzavřené kruhové smyčky DNA, lze nalézt v~cytoplasmě bakterií. Často jsou v radiobiologických experimentech využívány jako zjednodušený model buněčné DNA. Teoretické část popisuje možnosti použití plasmidu jako modelu chromatinu při~experimentálním studiu účinků ionizujícího záření na buňky a~modelování časového vývoje struktury plasmidu ve vodném roztoku. Cílem práce bylo vytvořit a představit kód v jazyce Matlab umožňující přechod od základní struktury popsané hrubou lomenou čárou k atomárnímu modelu plasmidu. Základní struktura plasmidu byla vygenerována pomocí algoritmu popsaného Huangem et al. (PNAS 2001. 98, 968--973). Kód sloužící ke zjemnění základní struktury vychází z~práce Kümmerleho a Pompluna (Eur Biophys J. 2005. 34:~13--18). Do zjemňujícího algoritmu byla včleněna kontrola správnosti zjemněné struktury. Vzniklý kód byl otestován na plasmidech různé délky. Výstupem zjemňujícího procesu je soubor ve formátu PDB (RCSB Protein Data Bank), vhodném pro použití v~Monte Carlo simulacích.cze
dc.description.abstractPlasmids, circular DNA loops, are found in bacteria. They are often used as a simplified model of cellular DNA in radiobiological experiments. The theoretical part describes the use of plasmid DNA as chromatin surrogate in experiments on the effects of ionizing radiation on cells and modeling of the time evolution of the conformation of a plasmid in aqueous solution. The aim was to create and present a Matlab code converting a rough structure to an atomic model. This rough structure was generated according to Huang et al. (PNAS 2001. 98, 968--973). The code for smoothing of the rough structure was based on the algorithm by Kümmerle and Pomplun (Eur Biophys J. 2005. 34: 13--18). The verification of the properties of the smoothed structure was implemented. The final result is a PDB file (RCSB Protein Data Bank) further usable in Monte Carlo simulations.eng
dc.publisherČeské vysoké učení technické v Praze. Vypočetní a informační centrum.cze
dc.publisherCzech Technical University in Prague. Computing and Information Centre.eng
dc.rightsA university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html.eng
dc.rightsVysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html.cze
dc.subjectDNAcze
dc.subjectplasmidcze
dc.subjectstrukturní modelcze
dc.subjectionizující zářenícze
dc.subjectDNAeng
dc.subjectplasmideng
dc.subjectstructural modeleng
dc.subjectionizing radiationeng
dc.titleTvorba podrobných dynamických modelů struktury DNA plasmiducze
dc.titleDevelopment of detailed dynamic models of plasmid DNAeng
dc.typeBAKALÁŘSKÁ PRÁCEcze
dc.typeBACHELOR THESISeng
dc.contributor.refereeDavídková Marie
theses.degree.disciplineDozimetrie a aplikace ionizujícího zářenícze
theses.degree.grantorkatedra dozimetrie a aplikace ionizujícího zářenícze
theses.degree.programmeAplikace přírodních vědcze


Files in this item

FilesSizeFormatView

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record