ČVUT DSpace
  • Search DSpace
  • Čeština
  • Login
  • Čeština
  • Čeština
View Item 
  •   ČVUT DSpace
  • Czech Technical University in Prague
  • Faculty of Nuclear Sciences and Physical Engineering
  • Department of Dosimetry and Application of Ionizing Radiation
  • Bachelor Theses - 14116
  • View Item
  • Czech Technical University in Prague
  • Faculty of Nuclear Sciences and Physical Engineering
  • Department of Dosimetry and Application of Ionizing Radiation
  • Bachelor Theses - 14116
  • View Item
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Tvorba podrobných dynamických modelů struktury DNA plasmidu

Development of detailed dynamic models of plasmid DNA

Type of document
bakalářská práce
bachelor thesis
Author
Klára Stefanová
Supervisor
Štěpán Václav
Opponent
Davídková Marie
Field of study
Dozimetrie a aplikace ionizujícího záření
Study program
Aplikace přírodních věd
Institutions assigning rank
katedra dozimetrie a aplikace ionizujícího záření



Rights
A university thesis is a work protected by the Copyright Act. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one?s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf and the citation ethics http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html
Vysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem http://www.mkcr.cz/assets/autorske-pravo/01-3982006.pdf a citační etikou http://knihovny.cvut.cz/vychova/vskp.html
Metadata
Show full item record
Abstract
Plasmidy, uzavřené kruhové smyčky DNA, lze nalézt v~cytoplasmě bakterií. Často jsou v radiobiologických experimentech využívány jako zjednodušený model buněčné DNA. Teoretické část popisuje možnosti použití plasmidu jako modelu chromatinu při~experimentálním studiu účinků ionizujícího záření na buňky a~modelování časového vývoje struktury plasmidu ve vodném roztoku. Cílem práce bylo vytvořit a představit kód v jazyce Matlab umožňující přechod od základní struktury popsané hrubou lomenou čárou k atomárnímu modelu plasmidu. Základní struktura plasmidu byla vygenerována pomocí algoritmu popsaného Huangem et al. (PNAS 2001. 98, 968--973). Kód sloužící ke zjemnění základní struktury vychází z~práce Kümmerleho a Pompluna (Eur Biophys J. 2005. 34:~13--18). Do zjemňujícího algoritmu byla včleněna kontrola správnosti zjemněné struktury. Vzniklý kód byl otestován na plasmidech různé délky. Výstupem zjemňujícího procesu je soubor ve formátu PDB (RCSB Protein Data Bank), vhodném pro použití v~Monte Carlo simulacích.
 
Plasmids, circular DNA loops, are found in bacteria. They are often used as a simplified model of cellular DNA in radiobiological experiments. The theoretical part describes the use of plasmid DNA as chromatin surrogate in experiments on the effects of ionizing radiation on cells and modeling of the time evolution of the conformation of a plasmid in aqueous solution. The aim was to create and present a Matlab code converting a rough structure to an atomic model. This rough structure was generated according to Huang et al. (PNAS 2001. 98, 968--973). The code for smoothing of the rough structure was based on the algorithm by Kümmerle and Pomplun (Eur Biophys J. 2005. 34: 13--18). The verification of the properties of the smoothed structure was implemented. The final result is a PDB file (RCSB Protein Data Bank) further usable in Monte Carlo simulations.
 
URI
http://hdl.handle.net/10467/85312
Collections
  • Bakalářské práce - 14116 [83]

České vysoké učení technické v Praze copyright © 2016 

DSpace software copyright © 2002-2016  Duraspace

Contact Us | Send Feedback
Theme by 
@mire NV
 

 

Useful links

CTU in PragueCentral library of CTUAbout CTU Digital LibraryResourcesStudy and library skillsResearch support

Browse

All of DSpaceCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjects

My Account

Login

České vysoké učení technické v Praze copyright © 2016 

DSpace software copyright © 2002-2016  Duraspace

Contact Us | Send Feedback
Theme by 
@mire NV