Webová aplikace pro kontextové vyhledávání a vizualizaci transkriptomických dat rostlin

Abstract

Tato práce je zaměřena na vypracování a testování webové aplikace, která zlepšuje proces analýzy rostlinných transkriptomických dat. Rešeršní část práce se věnuje vysvětlení problematiky analýzy transkripce rostlin, získávání transkriptomických dat z experimentů a jejich zpracování a interpretace v podobě grafických výstupů. Jsou také představeny nástroje, které jsou momentálně využívány k řešení podobných zadaní. Tyto nástroje však postrádají flexibilitu a uživatelskou kontrolu nad daty, proto proto byla navržena a implementována vhodná webová aplikace, skládající se z databáze, webového serveru s aplikačním rozhraním REST a klientské aplikace, jež toto rozhraní využívá. Závěr práce je věnován testování uživatelského rozhraní a nasazení aplikace pro lokální testování.

This thesis focuses on the development and testing of a web application that improves the process of analysing plant transcriptomic data. The review part of the thesis is devoted to explaining the problems of plant transcription analysis, extracting transcriptomic data from experiments, and processing and interpreting the data as graphical output. Tools currently used for similar tasks are also presented. Since tools currently available lack required flexibility and control, a suitable web application is designed and implemented, consisting of a database, a web server with a REST application interface and a client application using this interface. Finally, testing of the application user interface was conducted as well as deployment preparation for a local testing.