Software for Visualization, Segmentation and Sonification of Ultrasonic Vocalizations of Laboratory Rats
Software pro vizualizaci, segmentaci a sonifikaci ultrazvukových vokalizací laboratorních potkanů
Authors
Supervisors
Reviewers
Editors
Other contributors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
České vysoké učení technické v Praze
Czech Technical University in Prague
Czech Technical University in Prague
Date of defense
2025-06-25
Files
Abstract
Tato práce představuje Squeak Peek Studio, uživatelsky přívětivou MATLAB aplikaci pro analýzu ultrazvukových vokalizací (USV) laboratorních potkanů. Software je navržen pro intuitivní použití a integraci do stávajících výzkumných pracovních postupů. Kombinuje segmentaci, vizualizaci, sonifikaci a vyhodnocení v jednotném rozhraní. Implementuje několik detekčních algoritmů - včetně prahovacích a bayesovských metod - s laditelnými parametry a možností interaktivní úpravy. Modul sonifikace založený na fázovém vokodéru a synchronizace videa umožňuje hlubší interpretaci chování. Cílem nástroje je zefektivnit analýzu USV a podpořit jak automatizované tak i manuální zpracování.
This thesis presents Squeak Peek Studio, a user-friendly MATLAB application for analyzing ultrasonic vocalizations (USVs) in laboratory rats. Designed for intuitive use and integration into existing research workflows, the software combines segmentation, visualization, sonification, and evaluation in a unified interface. It implements multiple detection algorithms - including threshold-based and Bayesian methods - with tunable parameters and interactive editing. A phase vocoder-based sonification module and video synchronization enable deeper behavioral interpretation. The tool aims to streamline USV analysis and support both automated processing and human-in-the-loop refinement.
This thesis presents Squeak Peek Studio, a user-friendly MATLAB application for analyzing ultrasonic vocalizations (USVs) in laboratory rats. Designed for intuitive use and integration into existing research workflows, the software combines segmentation, visualization, sonification, and evaluation in a unified interface. It implements multiple detection algorithms - including threshold-based and Bayesian methods - with tunable parameters and interactive editing. A phase vocoder-based sonification module and video synchronization enable deeper behavioral interpretation. The tool aims to streamline USV analysis and support both automated processing and human-in-the-loop refinement.
Description
Keywords
ultrazvukové vokalizace, komunikace potkanů, analýza akustického chování, MATLAB App Designer, segmentace signálu, bayesovská detekce, fázový vokodér, sonifikace, automatizovaná segmentace, vývoj softwaru, bioakustický výzkum, ultrasonic vocalizations, rat communication, acoustic behavior analysis, MATLAB App Designer, signal segmentation, Bayesian changepoint detection, phase vocoder, sonification, automated segmentation, software tool development, bioacoustic research
Citation
Permanent link
Rights/License
Vysokoškolská závěrečná práce je dílo chráněné autorským zákonem. Je možné pořizovat z něj na své náklady a pro svoji osobní potřebu výpisy, opisy a rozmnoženiny. Jeho využití musí být v souladu s autorským zákonem v platném znění.
A university thesis is a work protected by the Copyright Act of the Czech Republic. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one`s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act.
A university thesis is a work protected by the Copyright Act of the Czech Republic. Extracts, copies and transcripts of the thesis are allowed for personal use only and at one`s own expense. The use of thesis should be in compliance with the Copyright Act.