library(leaflet)
library(ggplot2)
library(dplyr)
library(stringr)

rm(list = ls())
options(digits.secs=9)

##############################################################################################################
##############################################################################################################

###NAČTENÍ DAT

seznamProfilu <- c("A1","A2","B1","B2","C1","C2","D1","D2","E1")                                       ##NUTNÉ ZADAT Seznam profilů -> bude využitý jako název pro export souborů
polohaProfilu <- c("in","out","in","out","in","out","in","out","uvnitr")                               ##NUTNÉ ZADAT Poloha profilu v oblasti 
profilStanoviste <- c("A","A","B","B","C","C","D","D","E")                                             ##NUTNÉ ZADAT Příslušnost profilu ke stanovišti
Profily <- data.frame(seznamProfilu,profilStanoviste,polohaProfilu)
seznamStanovist <- unique(profilStanoviste)                                                            ##Seznam stanovišť
seznamDruhVozidla <- data.frame(list("OA","NV","BUS"),stringsAsFactors = F)              ##NUTNÉ ZADAT Seznam druhů vozidla pro změnu
seznamDruhVozidla[nrow(seznamDruhVozidla)+1,] <- list("","","")
#Nazvy sloupcu
columns_originalData <- c("ID","RZ","DruhVozidla","Cas","Profil")                                      ##NUTNE ZKONTROLOVAT, zda poradi a pocet sloupcu odpovida strukture nacitanych surovych dat

##Příprava cesty pro ukládání souborů
lokace <- "C:/Users/Mr. Spock/Documents/Skola/Magistr/diplomka"                                       #Základní lokace, kde budou umístěny složky s vyhodnocením
csv <- ".csv"

#Priprava listu, kam budou ukladany originalni datove sady z profilu po jejich nacteni
df_original_data <- list()      

##Nacteni dat
i <- 0
for (i in 1:length(seznamProfilu)) {
  cesta <- paste(lokace,"/",seznamProfilu[i],csv,sep = "")
  df2 <- read.csv(cesta, sep = ";", encoding = "UTF-8")
  colnames(df2) <- columns_originalData
  df_original_data[i] <- list(df2)
}

##############################################################################################################
##############################################################################################################

###PŘÍPRAVA DAT

df_predzpracovane <- df_original_data                                                                 ##list df_predzpracovane uchovává tabulky ve formátu pro vyhodnocení

k<-0
i<-0
j<-0

for (k in 1:length(df_predzpracovane)) {
  df2 <- data.frame(df_predzpracovane[k])
  
  df2$Cas <- strptime(df2$Cas, format = "%H:%M:%OS")               ##Úprava časového formátu
  #df2$Cas <- format(df2$Cas, format="%H:%M:%S")
  df2=df2[!(is.na(df2$RZ)), ]                                      ##Odstranění prázdných řádků
  df2=df2[!(is.na(df2$Cas)), ]
  df2 <- df2[order(df2$RZ),]                                       ##Seřazení podle RZ
  df2 <- df2 %>% distinct(ID,RZ,Cas, .keep_all = TRUE)             ##Odstranění duplicit
  
  df2$priznak <- "ok"                                              ##Přidání sloupce pro příznak
  
  rz <- which( colnames(df2)=="RZ" )   #číslo sloupce                ##Odstranění více záchytů RZ ve stejném průjezdu vozidla (limit 10 s)
  cas <- which( colnames(df2)=="Cas" )   #číslo sloupce
  priznak <- which(colnames(df2)=="priznak" )   #číslo sloupce
  for (i in 1:length(df2$ID)) {                #procházíme všechny řádky tabulky
    srovnavanaRZ = df2[c(i),c(rz)]   #stanovení RZ, kterou srovnáváme
    j <- i+1                            # j ukazuje na řádek druhé srovnávané RZ
    while ( df2[c(j),c(rz)] == srovnavanaRZ && j<= length(df2$ID)) {
      rozdil <- abs(as.numeric(difftime(df2[c(j),c(cas)], df2[c(j-1),c(cas)], units="secs")))   #časový rozdíl
      if (rozdil <=10) {                            #časový limit 10 s
        df2[c(j),c(priznak)] <- "stejnyPrujezd"   #stanovení příznaku stejného průjezdu vozidla
      }
      j <- j+1                          # j ukazuje na řádek druhé srovnávané RZ
    }
  }
  df2 <- df2[!df2$priznak == "stejnyPrujezd", ]   #odstranění řádků s příznakem "stejný průjezd"
  
  df2 <- df2[order(df2$Cas),]                                      ##Seřazení podle času
  df2$ID <- seq.int(nrow(df2))                                     ##Přečíslování ID
  
  df2$DruhVozidla[is.na(df2$DruhVozidla)] <- ""
  df2$DruhVozidlaOriginal <- df2$DruhVozidla                       ##Přidání sloupce pro uchování originálu druhu vozidla
  
  ##Přejmenování druhů vozidla
  i <- 0
  for(i in 1:length(df2$ID)){
    if(df2$DruhVozidlaOriginal[i] != "" ) {
      souradnice <-  which(seznamDruhVozidla == df2$DruhVozidlaOriginal[i], arr.ind=TRUE)
      souradnice[1] <- souradnice[1]+1
      # druhvozidla <- seznamDruhVozidla[souradnice]
      if (seznamDruhVozidla[souradnice] != ""){df2$DruhVozidla[i] <- seznamDruhVozidla[souradnice]}
    }
  }
  df2 <- df2 %>% select(-c(DruhVozidlaOriginal))
  df_predzpracovane[k] <- list(df2)                                ##Uložení do listu
}





###ULOŽENÍ PŘEDZPRACOVANÝCH TABULEK

##Příprava cesty pro uložení souboru
SurovaDataVystupR <- paste(lokace,"/Surova-data-vystup-R/",sep = "")
DIprofilovyPruzkumDatovaSada <- paste(lokace,"/DIchar_profilovy-pruzkum/",sep = "")

k<- 0
for (k in 1:length(df_predzpracovane)) {
  
  nazev <- paste(seznamProfilu[c(k)],"_Surova-data-vystup-R",sep = "")
  cesta <- paste(SurovaDataVystupR,nazev,csv, sep="")
  
  df2 <- data.frame(df_predzpracovane[k])
  df2 <- df2 %>% select(-c(priznak,))
  df2$Cas <- format(df2$Cas, format="%H:%M:%S")
  df2$DruhVozidla[is.na(df2$DruhVozidla)] <- ""
  
  write.table(df2,file=cesta,fileEncoding = "UTF-8",row.names = FALSE,sep = ";", dec = ",")
  
  nazev <- paste(seznamProfilu[c(k)],"_DIchar_profilovy-pruzkum_Datova-sada",sep = "")
  cesta <- paste(DIprofilovyPruzkumDatovaSada,nazev,csv, sep="")

  write.table(df2,file=cesta,fileEncoding = "UTF-8",row.names = FALSE,sep = ";", dec = ",")
  
}

###TVORBA A ULOŽENÍ SLOUČENÉHO SOUBORU DAT = VSTUP PRO PÁROVÁNÍ
SloucenaData <- data.frame()
k <- 0
for (k in 1:length(df_predzpracovane)) {
  df2 <- data.frame(df_predzpracovane[k])
  SloucenaData <- rbind(SloucenaData, df2)
}
SloucenaData <- SloucenaData[order(SloucenaData$Cas),]               ##Seřazení podle času
SloucenaData$ID <- seq.int(nrow(SloucenaData))                                         ##Přečíslování ID

df2 <- SloucenaData                                                  ##Priprava na ulozeni
df2 <- df2 %>% select(-c(priznak))
df2$Cas <- format(df2$Cas, format="%H:%M:%S")
df2$DruhVozidla[is.na(df2$DruhVozidla)] <- ""
nazev <- "Surova-data-vystup-R_Sloucene"
cesta <- paste(SurovaDataVystupR,nazev,csv, sep="")

write.table(df2,file=cesta,fileEncoding = "UTF-8",row.names = FALSE,sep = ";", dec = ",")   ##Ulozeni


##############################################################################################################
##############################################################################################################

###VYHODNOCENÍ DI CHARAKTERISTIK TYPU PROFILOVÝ PRŮZKUM

#Příprava datového formátu pro soubor dat vyhodnocení
columns = c("Hodina","Profil","Celkem [-]","Celkem [%]","OA [-]","OA [%]","NV [-]","NV [%]","BUS [-]","BUS [%]") 

df_DIprofilovyPruzkum <- df_predzpracovane
k <- 0
i <- 0
for (k in 1:length(df_predzpracovane)) {
  
  df2 <- data.frame(matrix(nrow = 25, ncol = 10))                                #Naplnění souboru dat vyhodnocení daty
  colnames(df2) = columns
  df2$Hodina <- seq(from=0,to=24)                                                #Naplnění sloupce Hodina (hodnoty 0-23)
  df2[c(25),c("Hodina")] <- "CELKEM"
  
  df <- data.frame(df_predzpracovane[k])                                        #Výběr odpovídající tabulky (profilu) z tabulek předzpracovaných dat
  df2$Profil <- seznamProfilu[k]                                                 #Naplnění sloupce Profil
  df2$`Celkem [-]` <- 0
  df2$`OA [-]` <- 0
  df2$`NV [-]` <- 0
  df2$`BUS [-]` <- 0
  df2$`Celkem [%]` <- 0.00                                                          #Předvyplnění sloupců s [%] hodnotou 0
  df2$`OA [%]` <- 0
  df2$`NV [%]` <- 0
  df2$`BUS [%]` <- 0
  
  for (i in 1:length(df$Cas)) {                                                  #extrahování hodiny z času záznamu vozidla v tabulce předzpracovaných dat
    df$priznak <- as.numeric(format(df$Cas, format= "%H")) #!!!!!!!!!!!!!!!! provizorní !!!!!!!!!!!!!!!!! -> Hodiny !!!!!!!!!!!!
  }
  i <- 0                                                                         
  for (i in 1:(length(df2$Hodina)-1)) {
    df2[c(i),c("Celkem [-]")] <- nrow(df[df$priznak == i-1,])                    #Naplnění sloupce Celkem [-]
    df2[c(i),c("OA [-]")] <- nrow(df[df$priznak == i-1 & df$DruhVozidla == "OA", ])  #Naplnění sloupce OA [-]
    df2[c(i),c("NV [-]")] <- nrow(df[df$priznak == i-1 & df$DruhVozidla == "NV", ])  #Naplnění sloupce NV [-]
    df2[c(i),c("BUS [-]")] <- nrow(df[df$priznak == i-1 & df$DruhVozidla == "BUS", ])  ##Naplnění sloupce BUS [-]
    if (df2[c(i),c("Celkem [-]")] != 0) {df2[c(i),c("Celkem [%]")] <- 100.00}                                                #Naplnění sloupců s [%] podílem 
    if (df2[c(i),c("OA [-]")] != 0) {df2[c(i),c("OA [%]")] <- round((df2[c(i),c("OA [-]")] / df2[c(i),c("Celkem [-]")] *100), digits = 2)}
    if (df2[c(i),c("NV [-]")] != 0) {df2[c(i),c("NV [%]")] <- round((df2[c(i),c("NV [-]")] / df2[c(i),c("Celkem [-]")] *100), digits = 2)} 
    if (df2[c(i),c("BUS [-]")] != 0) {df2[c(i),c("BUS [%]")] <- round((df2[c(i),c("BUS [-]")] / df2[c(i),c("Celkem [-]")] *100), digits = 2)}
  }
  df2[is.na(df2)] <- 0
  
  df2[c(25),c("Celkem [-]")] <- sum(df2$`Celkem [-]`)                            #Přidání řádku se součty
  df2[c(25),c("OA [-]")] <- sum(df2$`OA [-]`)
  df2[c(25),c("NV [-]")] <- sum(df2$`NV [-]`)
  df2[c(25),c("BUS [-]")] <- sum(df2$`BUS [-]`)
  if (df2[c(25),c("Celkem [-]")] != 0) {df2[c(25),c("Celkem [%]")] <- 100.00}                                                #Naplnění sloupců s [%] podílem 
  if (df2[c(25),c("OA [-]")] != 0) {df2[c(25),c("OA [%]")] <- round((df2[c(25),c("OA [-]")] / df2[c(25),c("Celkem [-]")] *100), digits = 2)}
  if (df2[c(25),c("NV [-]")] != 0) {df2[c(25),c("NV [%]")] <- round((df2[c(25),c("NV [-]")] / df2[c(25),c("Celkem [-]")] *100), digits = 2)} 
  if (df2[c(25),c("BUS [-]")] != 0) {df2[c(25),c("BUS [%]")] <- round((df2[c(25),c("BUS [-]")] / df2[c(25),c("Celkem [-]")] *100), digits = 2)}
  
  df2[nrow(df2)+1,] <- ""                                                        #Přidání řádku s poznámkou k počtu chybějících údajů o druhu vozidla
  df2[c(26),c("Hodina")] <- "POZNAMKA"  
  if( any(df$DruhVozidla == "" ) == TRUE ) {df2[c(26),c("Profil")] <- "Data obsahuji chybejici udaje ve sloupci Druh Vozidla"
  df2[c(26),c("Celkem [-]")] <- "Pocet chybejicich udaju"
  df2[c(26),c("Celkem [%]")] <- nrow(df[df$DruhVozidla == "",])
  df2[c(26),c("OA [-]")] <- "Procento chybejicich udaju" 
  df2[c(26),c("OA [%]")] <- round((nrow(df[df$DruhVozidla == "",])/nrow(df) *100), digits = 2)
  }
  
  df_DIprofilovyPruzkum[k] <- list(df2)
}

### TVORBA VYSTUPNICH TABULEK
df_DIprofilovyPruzkumVystup <- list()
k <- 0
index <- 0
index1 <- 0
for (k in 1:length(seznamStanovist)) {
  index <- which(profilStanoviste == seznamStanovist[k])                          #Zjisteni, ktere profily odpovidaji stejnemu stanovisti
  i <- 0
  df2 <- data.frame()
  df <- data.frame()
  for (i in 1:length(index)) {
    index1 <- index[i]
    df <- data.frame(df_DIprofilovyPruzkum[index1]) 
    names(df) <- columns                                           
    df2 <- bind_rows(df2,df)                                                      #Slouceni profilu stejneho stanoviste
  } 
 
  df_DIprofilovyPruzkumVystup[k] <- list(df2)                                         #Pridani stanoviste do listu
}


##PŘIDÁNÍ CELKOVÉHO SOUČTU ZA STANOVIŠTĚ
k <- 0
for (k in 1:length(df_DIprofilovyPruzkumVystup)) {
 if (length(which(Profily$profilStanoviste == seznamStanovist[k])) >1) {        ##Pridani celkoveho souctu za stanoviste probehne, jen pokud stanoviste obsahuje vice profilu nez 1
  df2 <- data.frame(df_DIprofilovyPruzkumVystup[k])
  colnames(df2) = columns
  i <- 0
  for (i in 0:23) {                                                               #Součty po jednotlivých hodinách
    celkem <- as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == i)[1]),c("Celkem [-]")])+ as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == i)[2]),c("Celkem [-]")])
    oa <- as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == i)[1]),c("OA [-]")])+ as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == i)[2]),c("OA [-]")])
    na <- as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == i)[1]),c("NV [-]")])+ as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == i)[2]),c("NV [-]")])
    bus <- as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == i)[1]),c("BUS [-]")])+ as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == i)[2]),c("BUS [-]")])
    if(celkem != 0) {celkemp <- 100} else {celkemp <- 0}
    if(oa != 0) {oap <- round(oa/celkem*100,digits = 2)} else {oap <- 0}
    if(na != 0) {nap <- round(na/celkem*100,digits = 2)} else {nap <- 0}
    if(bus != 0) {busp <- round(bus/celkem*100,digits = 2)} else {busp <- 0}
    df2[ nrow(df2) + 1 , c("Hodina","Profil","Celkem [-]","Celkem [%]","OA [-]","OA [%]","NV [-]","NV [%]","BUS [-]","BUS [%]") ] <- c(i,"Sloucene",celkem,celkemp,oa,oap,na,nap,bus,busp)
  }
  
  # Řádek celkem
  celkem <- as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == "CELKEM")[1]),c("Celkem [-]")])+ as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == "CELKEM")[2]),c("Celkem [-]")])
  oa <- as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == "CELKEM")[1]),c("OA [-]")])+ as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == "CELKEM")[2]),c("OA [-]")])
  na <- as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == "CELKEM")[1]),c("NV [-]")])+ as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == "CELKEM")[2]),c("NV [-]")])
  bus <- as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == "CELKEM")[1]),c("BUS [-]")])+ as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == "CELKEM")[2]),c("BUS [-]")])
  if(celkem != 0) {celkemp <- 100} else {celkemp <- 0}
  if(oa != 0) {oap <- round(oa/celkem*100, digits = 2)} else {oap <- 0}
  if(na != 0) {nap <- round(na/celkem*100, digits = 2)} else {nap <- 0}
  if(bus != 0) {busp <- round(bus/celkem*100, digits = 2)} else {busp <- 0}
  df2[ nrow(df2) + 1 , c("Hodina","Profil","Celkem [-]","Celkem [%]","OA [-]","OA [%]","NV [-]","NV [%]","BUS [-]","BUS [%]") ] <- c("CELKEM","Sloucene",celkem,celkemp,oa,oap,na,nap,bus,busp)
  
  #Řádek s poznámkou k chybějícím informacím o druhu vozidla
  if(df2[c(which(df2$Hodina == "POZNAMKA")[1]),c("Profil")] != "" || df2[c(which(df2$Hodina == "POZNAMKA")[2]),c("Profil")] != "" ) {poznamka <- "Data obsahuji chybejici udaje ve sloupci Druh Vozidla"} else {poznamka <- ""}
  if(df2[c(which(df2$Hodina == "POZNAMKA")[1]),c("Celkem [%]")] != "" ) {pocet1 <- as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == "POZNAMKA")[1]),c("Celkem [%]")])} else {pocet1 <- 0}
  if(df2[c(which(df2$Hodina == "POZNAMKA")[2]),c("Celkem [%]")] != "" ) {pocet2 <- as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == "POZNAMKA")[2]),c("Celkem [%]")])} else {pocet2 <- 0}
  pocet <- pocet1 + pocet2
  if (pocet != 0) {procento <- round(pocet / as.numeric(df2[c(which(df2$Hodina == "CELKEM")[3]),c("Celkem [-]")]) *100, digits = 2)} else {procento <- ""}
  
  df2[ nrow(df2) + 1 , c("Hodina","Profil","Celkem [-]","Celkem [%]","OA [-]","OA [%]","NV [-]","NV [%]","BUS [-]","BUS [%]") ] <- c("POZNAMKA",poznamka,"Pocet chybejicich udaju",pocet,"Procento chybejicich udaju",procento,"","","","")
  
  df_DIprofilovyPruzkumVystup[k] <- list(df2)
 }
}

##ULOŽENÍ
##Příprava cesty pro uložení souboru
DIcharprofilovypruzkum <- paste(lokace,"/DIchar_profilovy-pruzkum/",sep = "")

#Uložení tabulek (uložení datové sady je již v kroku "příprava dat")
k<- 0
for (k in 1:length(df_DIprofilovyPruzkumVystup)) {
  
  nazev <- paste(seznamStanovist[c(k)],"_DIchar_profilovy-pruzkum",sep = "")
  cesta <- paste(DIcharprofilovypruzkum,nazev,csv, sep="")
  
  df2 <- data.frame(df_DIprofilovyPruzkumVystup[k])
  colnames(df2) = columns
  
  write.table(df2,file=cesta,fileEncoding = "UTF-8",row.names = FALSE,sep = ";", dec = ",")
  
}


##############################################################################################################
##############################################################################################################

###PRVOTNÍ PÁROVÁNÍ DAT
SloucenaData$priznak <- ""
SloucenaData <- SloucenaData[order(SloucenaData$RZ,SloucenaData$Cas),]                 #Setřídění dle RZ a času
SloucenaData$priznak2 <- ""                                                            #Přidání sloupce s 2. příznakem

##Přidání příznaků do SloucenaData = informace o době jízdy do následujícího profilu a o názvu profilu
i <- 0
for (i in 1:(length(SloucenaData$RZ)-1)) {
  if (SloucenaData$RZ[i] == SloucenaData$RZ[i+1]) {
    SloucenaData$priznak[i] <- (as.numeric(difftime(SloucenaData$Cas[i+1], SloucenaData$Cas[i], units="secs")))   #casovy rozdil
    SloucenaData$priznak2[i] <- SloucenaData$Profil[i+1]                                                          #nasledujici profil
  }
}

##Vytvoření názvů dataframeů listu Párování1
i <- 0
j <- 0
columns2 <- ""
for (i in 1:length(seznamProfilu)) {
  nazev1 <- seznamProfilu[i]
  for (j in 1:length(seznamProfilu)) {
    nazev2 <- seznamProfilu[j]
    nazev <- paste(nazev1,nazev2,sep = "")
    columns2 <- append(columns2,nazev)
  }
}
columns2 <- columns2[-1]


##Tvorba listu Párování1
Komb <- length(seznamProfilu)*length(seznamProfilu)   #Počet prvků listu = počet všech možných kombinací profilů
df_Parovani1 <- vector("list",0)
columns3 <- c("ID","RZ","DruhVozidla","CasProfil1","CasProfil2","DobaJizdy","Profil1","Profil2")

i <- 0                                                      ## Obsahem listu jsou prázdné dataframey s 5 sloupci s názvy
for(i in 1:Komb) {
  df2 <- data.frame(matrix(nrow = 0, ncol = 8))
  colnames(df2) <- columns3
  #df2[1,] <- ""
  df_Parovani1 <- c(list(df2), df_Parovani1)
}

names(df_Parovani1) <- columns2
##Přesun hodnot příznaků z SloucenaData do listu Parovani1
i <- 0
for (i in 1:length(SloucenaData$RZ)) {
  j <- 0
  if (SloucenaData$priznak[i] != "") {
    nazev <- paste(SloucenaData$Profil[i],SloucenaData$priznak2[i], sep = "")     #Určení, do kterého dataframeu v rámci listu Parovani1 se budou hodnoty ukládat
    j <- as.numeric(which(columns2 == nazev))
    cas1 <-  as.character(format(SloucenaData$Cas[i], format="%H:%M:%S"))         #Příprava časového údaje záznamu v 1. profilu na přesun
    cas2 <-  as.character(format(SloucenaData$Cas[i+1], format="%H:%M:%S"))       #Příprava časového údaje záznamu v 2. profilu na přesun
    df2 <- data.frame(df_Parovani1[j])                                            #Výběr správného dataframeu z listu
    #print(df2)
    colnames(df2) <- columns3                                                     #Změna názvu sloupců v dataframeu
    df2[ nrow(df2) + 1 , c("ID","RZ","DruhVozidla","CasProfil1","CasProfil2","DobaJizdy","Profil1","Profil2")] <-  c(SloucenaData[i,c("ID"),],SloucenaData[i,c("RZ"),],SloucenaData[i,c("DruhVozidla"),],cas1,cas2,SloucenaData[i,c("priznak"),],SloucenaData[i,c("Profil"),],SloucenaData[i,c("priznak2"),])   #Přidání hodnot (1 řádku)
  }
  
  df_Parovani1[j] <- list(df2) 
}


##Tvorba listu df_Parovani1relevantni, který bude obsahovat pouze relevantní kombinace profilů pro vyhodnocení doby jízdy (průjezd X pobyt)

df_Parovani1relevantni <- df_Parovani1   #tvorba listu

#Stanovení indikátoru relevance profilů ano/ne

profilySparovane <- columns2
i <- 0
j <- 0
polohaRelevance <- ""
for (i in 1:length(polohaProfilu)) {
  poloha1 <- polohaProfilu[i]
  for (j in 1:length(polohaProfilu)) {
    poloha2 <- polohaProfilu[j]
    # nazev <- paste(nazev1,nazev2,sep = "")
    if (poloha1 == "out") {relevance <- "ne"}
    else if (poloha1 == "uvnitr" & poloha2 == "in") {relevance <- "ne"}
    else if (poloha1 == "in" & poloha2 == "in") {relevance <- "ne"}
    else {relevance <- "ano"}
    polohaRelevance <- append(polohaRelevance, relevance)
  }
}
polohaRelevance <- polohaRelevance[-1]

#Úprava indikátoru relevance s ohledem na profily na stejném stanovišti  ### Funguje urcite na stanoviste s poctem profilu 1-2
k <- 0
index <- 0
for (k in 1:length(seznamStanovist)) {                                            #Prochazim seznam stanovist
  index <- which(profilStanoviste == seznamStanovist[k])                          #Zjisteni, ktere profily odpovidaji stejnemu stanovisti
  if (length(index) > 1){                                                         #Resim jen stanoviste, ktere obsahuji vice profilu
    #print(append("Profil",k))
    i <- 1
    index1 <- 0                                                                  
    index2 <- 0                                                           
    profil1 <- ""
    profil2 <- ""
    while (i < length(index)){
      index1 <- which(profilStanoviste == seznamStanovist[k])[i]                   #nastaveni indikatoru cisla sloupce profilu 1
      index2 <- index1+1                                                           #nastaveni indikatoru cisla sloupce profilu 2 
      profil1 <- seznamProfilu[index1]                                             #urceni profilu 1
      j <- 0
      for (j in (i+1):length(index)) {
        profil2 <- seznamProfilu[index2]                                           #urceni profilu 2
        #print(append(profil1,profil2))  
        #Nastaveni indikatoru relevance
        profil <- paste(profil1,profil2,sep = "")
        l <- which(profilySparovane == profil)
        polohaRelevance[l] <- "ne"
        profil <- paste(profil2,profil1,sep = "")
        l <- which(profilySparovane == profil)
        polohaRelevance[l] <- "ne"
        profil <- paste(profil1,profil1,sep = "")
        l <- which(profilySparovane == profil)
        polohaRelevance[l] <- "ne"
        profil <- paste(profil2,profil2,sep = "")
        l <- which(profilySparovane == profil)
        polohaRelevance[l] <- "ne"
        
        index2 <- index2+1
      }
      i <- i+1
    }
  }
}


#Odstranění nerelevantních kombinací profilů dle indikátoru
index <- which(polohaRelevance == "ne")
df_Parovani1relevantni <- df_Parovani1relevantni[- index]    
#Odstranění prázdných kombinací profilů
is_empty <- function(df_Parovani1relevantni) (nrow(df_Parovani1relevantni)!=0 & ncol(df_Parovani1relevantni) !=0)    #zjištění prázdných kombinací profilů
df_Parovani1relevantni <- df_Parovani1relevantni[sapply(df_Parovani1relevantni, is_empty)]                           #odstranění prázdných kombinací profilů

#Zjištění názvů relevantních kombinací profilů ( = zbylých položek listu)
columns4 <- names(df_Parovani1relevantni)

##Tvorba listu pro ukládání grafů pro statistické hodnocení
df_Parovani1grafy <- list()                                    #Příprava listu pro ukládání grafů

##Příprava matice T_lim
Matice_Tlim <- matrix(0, nrow = length(seznamProfilu), ncol = length(seznamProfilu),dimnames = list(seznamProfilu, seznamProfilu))

##Tvorba grafů, výpočet a uložení mediánu a T_lim
k <- 0
for (k in 1:length(df_Parovani1relevantni)) {
  df2 <- data.frame(df_Parovani1relevantni[k])
  colnames(df2) <- columns3
  nazev <- paste("Graf doby jízdy vozidel v relaci",columns4[k])
  med <- (median(as.numeric(df2$DobaJizdy)))
  medhod <- round(med/60,1)
  medp <- paste("median =",as.character(medhod),"min")
  if(medhod <= 3) {Tlim <- round(3*as.numeric(med)) }   ###    -> když med <= 3 min -> krát3, když med <= 5min -> krát 2, jinak krát 1,5
  else if(medhod <= 5) {Tlim <- round(2*as.numeric(med)) } 
  else {Tlim <- round(1.5*as.numeric(med)) } 
  Tlimhod <- round(Tlim/60,1)
  Tlimp <- paste("Tlim =",as.character(Tlimhod),"min")
  
  if (length(df2$DobaJizdy)>50) {
    i <- 50
    j <- as.numeric(round(length(df2$DobaJizdy)/i))
    graf <- ggplot(df2, aes(x = CasProfil1 ,y=as.numeric(DobaJizdy))) + geom_point() +
      ggtitle(nazev) +
      labs(x="Čas záznamu vozidla v 1. profilu", y="Doba jízdy vozidla [s]") +
      scale_y_continuous(breaks = c(pretty(as.numeric(df2$DobaJizdy)), as.numeric(med), as.numeric(Tlim)), labels = c(pretty(as.numeric(df2$DobaJizdy)), as.character(medp), Tlimp))+  
      theme(
        plot.title=element_text(size=14, lineheight=1, color= 1, hjust=0.5),
        axis.title.x=element_text(color=1),
        #axis.text.x= element_text(angle = 90),
        axis.text.x=element_text(color=rep(c("black", rep("transparent", each =j)), i),angle = 90),
        axis.title.y=element_text(color=1))+
      geom_hline(yintercept=as.numeric(med),color = "green")+
      geom_hline(yintercept=as.numeric(Tlim),color = "red")
  } else {
    graf <- ggplot(df2, aes(x = CasProfil1 ,y=as.numeric(DobaJizdy))) + geom_point() +
      ggtitle(nazev) +
      labs(x="Čas záznamu vozidla v 1. profilu", y="Doba jízdy vozidla [s]") +
      scale_y_continuous(breaks = c(pretty(as.numeric(df2$DobaJizdy)), as.numeric(med), as.numeric(Tlim)), labels = c(pretty(as.numeric(df2$DobaJizdy)), as.character(medp), Tlimp))+  
      theme(
        plot.title=element_text(size=14, lineheight=1, color= 1, hjust=0.5),
        axis.title.x=element_text(color=1),
        axis.text.x= element_text(angle = 90),
        #axis.text.x=element_text(color=rep(c("black", rep("transparent", each =j)), i),angle = 90),
        axis.title.y=element_text(color=1))+
      geom_hline(yintercept=as.numeric(med),color = "green")+
      geom_hline(yintercept=as.numeric(Tlim),color = "red")
  }
  print(graf)
  df_Parovani1grafy[[k]] <- graf  # add each plot into plot list
  
  #Uložení mediánu a Tlim do seznamu relevantních profilů
  df2[nrow(df2)+1, c("CasProfil1","CasProfil2","DobaJizdy","Profil1","Profil2")] <- c("Median [s]",med,"","","")
  df2[nrow(df2)+1, c("CasProfil1","CasProfil2","DobaJizdy","Profil1","Profil2")] <- c("T_lim navrzeny [s]",Tlim,"","","")
  df2[nrow(df2)+1, c("CasProfil1","CasProfil2","DobaJizdy","Profil1","Profil2")] <- c("T_lim final [s]",Tlim,"","","")
  df_Parovani1relevantni[k] <- list(df2)
  
  #Uložení T_lim do matice
  profil1 <- df2$Profil1[1]                      #definování, do jaké buňky matice bude počet uložen
  profil2 <- df2$Profil2[1]
  Matice_Tlim[profil1,profil2] <- Tlim          #uložení počtu do konkrétní buňky matice
}


#Doplnění T_lim pro opakovaný průjezd stejným (vnitřním) profilem do matice -> upravila jsem nakonec pro všechny profily
i <- 0
j <- 0
for (i in 1:length(seznamStanovist)) {
  if (length(which(Profily$profilStanoviste == seznamStanovist[i])) >1) {  
    index1 <- which(profilStanoviste == seznamStanovist[i])[1]
    index2 <- which(profilStanoviste == seznamStanovist[i])[2]
    profil1 <- seznamProfilu[index1]   ##############!!!!!!!!!!!!!!!POZOR - POČÍTÁM S TÍM, ŽE STANOVIŠTĚ MÁ 2 PROFILY !!!!!!!!!!!! BUDE NUTNO UPRAVIT
    profil2 <- seznamProfilu[index2] 
    # if(polohaProfilu[index1] == "uvnitr" & polohaProfilu[index2] == "uvnitr" & profilStanoviste[index1] == profilStanoviste[index2]) {
    if(profilStanoviste[index1] == profilStanoviste[index2]) {
      Matice_Tlim[profil1,profil2] <- 180
      Matice_Tlim[profil2,profil1] <- 180
      Matice_Tlim[profil1,profil1] <- 180
      Matice_Tlim[profil2,profil2] <- 180
    } 
  } else {index1 <- which(profilStanoviste == seznamStanovist[i])
          profil1 <- seznamProfilu[index1]
          Matice_Tlim[profil1,profil1] <- 180}
}

##EXPORT  
Parovani1 <- paste(lokace,"/Prvotni-Parovani/",sep = "")    
#Export tabulky sparovanych dat (SparovanaData <- SloucenaData)
SparovanaData <- SloucenaData
names(SparovanaData)[names(SparovanaData) == "priznak"] <- "CasovyRozdil [s]"                           ##Přejmenování sloupců
names(SparovanaData)[names(SparovanaData) == "priznak2"] <- "Profil2" 
SparovanaData[,c("Cas")] <- format(SparovanaData[,c("Cas")], format="%H:%M:%S")  #Uprava casoveho formatu
nazev <- "SparovanaData"
cesta <- paste(Parovani1,nazev,csv, sep="") 
write.table(SparovanaData,file=cesta,fileEncoding = "UTF-8",row.names = FALSE,sep = ";", dec = ",")

#Export grafů do pdf 
nazev <- "Statisticke-vyhodnoceni-grafy"
cesta <- paste(Parovani1,nazev,".pdf", sep="") 

k <- 0 
pdf(cesta,onefile = TRUE)
for(k in 1:length(df_Parovani1grafy)) {
  graf <- df_Parovani1grafy[k]
  print(graf)
}
dev.off()

#Export tabulek (uložení datové sady je již v kroku "příprava dat")
k<- 0
for (k in 1:length(df_Parovani1relevantni)) {
  nazev <- paste(columns4[c(k)],"_Relace-pro-hodnoceni-Tlim",sep = "")
  cesta <- paste(Parovani1,nazev,csv, sep="")
  df2 <- data.frame(df_Parovani1relevantni[k])
  colnames(df2) = columns3
  names(df2)[names(df2) == "DobaJizdy"] <- "CasovyRozdil [s]" 
  write.table(df2,file=cesta,fileEncoding = "UTF-8",row.names = FALSE,sep = ";", dec = ",")
}

#Export matice T_lim
Matice_Tlim_Vystup <- Matice_Tlim
nazvyradku <- append("",seznamProfilu)                                                   #přidání řádku a sloupce s názvy profilů, aby byly součástí exportu ve správném formátu
Matice_Tlim_Vystup <- rbind(seznamProfilu,Matice_Tlim)
Matice_Tlim_Vystup <- cbind(nazvyradku,Matice_Tlim_Vystup)
nazev <- "Matice_T_lim"
cesta <- paste(Parovani1,nazev,csv, sep="")
write.table(Matice_Tlim_Vystup,file=cesta,fileEncoding = "UTF-8",row.names = FALSE, col.names = FALSE, sep = ";", dec = ",")


##############################################################################################################
##############################################################################################################

###FINÁLNÍ PÁROVÁNÍ DAT

Matice_Tlim_final <- data.matrix(read.csv(cesta, sep=";", encoding = "UTF-8"))
Matice_Tlim_final <- Matice_Tlim_final[,colnames(Matice_Tlim_final)!="X"]
rownames(Matice_Tlim_final) <- seznamProfilu

#Příprava dataframeu ParovaniFinal, kde bude probíhat finální párování = určování cest
SloucenaDataParovaniFinal <- SloucenaData
names(SloucenaDataParovaniFinal)[names(SloucenaDataParovaniFinal) == "priznak"] <- "DobaJizdy"  
names(SloucenaDataParovaniFinal)[names(SloucenaDataParovaniFinal) == "priznak2"] <- "Profil2"                           ##Přejmenování sloupců
names(SloucenaDataParovaniFinal)[names(SloucenaDataParovaniFinal) == "Profil"] <- "Profil1" 
names(SloucenaDataParovaniFinal)[names(SloucenaDataParovaniFinal) == "Cas"] <- "Cas1" 
#Tvorba dataframeu ParovaniFinal 
ParovaniFinal <- SloucenaDataParovaniFinal
ParovaniFinal <- ParovaniFinal[order(ParovaniFinal$RZ),]                                       #Seřazení podle RZ
ParovaniFinal$DelkaCesty <- "1"                                                                # Přidání sloupce s příznakem počtu projetých stanovišť v rámci jedné cesty
ParovaniFinal$IndikatorParovani <- "sparovana RZ"                                              # Přidání sloupce s příznakem označujícím jedinečnost RZ
#ParovaniFinal <- ParovaniFinal %>% select(-c(DruhVozidlaOriginal))                     # Odstranění sloupce  s originálem druhu vozidla

#Přidání údaje o Druhu vozidla k chybějícím záznamům (pokud existuje alespoň u 1 záznamu RZ) -> !!!!!!!!!!Přesunout výše
i <- 1
j <- 0
k <- 0
druhvoz <- ""
while (i <= (length(ParovaniFinal$RZ)-1)) {
  j <- i+1
  k <- 0
  while ((ParovaniFinal$RZ[j] == ParovaniFinal$RZ[i]) & (k == 0)){
    if (ParovaniFinal$DruhVozidla[i] != "") {druhvoz <- ParovaniFinal$DruhVozidla[i] }
    if (ParovaniFinal$DruhVozidla[j] != "") {druhvoz <- ParovaniFinal$DruhVozidla[j] }
    if(j == length(ParovaniFinal$RZ)) {k <- 1
    } else { j <- j+1}
  }
  if (druhvoz != "") {
    k <-0
    for (k in i:(j-1)) {
      ParovaniFinal$DruhVozidla[k] <- druhvoz
    }
    druhvoz <- "" 
  }
  i <- j
}


unikatni <-   ParovaniFinal$RZ[!(duplicated(ParovaniFinal$RZ)|duplicated(ParovaniFinal$RZ, fromLast=TRUE))]   #Označení unikátních RZ 
for (i in 1: length(ParovaniFinal$RZ)) {
  if (ParovaniFinal$RZ[i]  %in% unikatni) {ParovaniFinal$IndikatorParovani[i] <- "nesparovana RZ"}
}

ParovaniFinal$DobaJizdy[ParovaniFinal$DobaJizdy==""] <- 0                        #Nahrazení prázdných řádků v DobaJizdy -> 0
ParovaniFinal$ProfilSrov <- ParovaniFinal$Profil1                                #Přidání sloupce ProfilSrov, který bude při hledání cest sloužit k zjišťování indexu pro Tlim
ParovaniFinal$Parind <-"ne"                                                      #Indikátor: "ano" -> budu připojovat následující řádek do cesty, "ne" -> nebudu

#Nastavení párovacího indikátoru Parind
i <- 0
for (i in 1:length(ParovaniFinal$RZ)) { 
  index1 <- ""
  index2 <- ""
  Tlim <-0
  if (as.numeric(ParovaniFinal$DobaJizdy[i]) > 0) {                                            #Podmínka, aby se řešilo, zda jde o cestu: DobaJizdy musí obsahovat hodnotu
    index1 <- ParovaniFinal$ProfilSrov[i]        #1. souřadnice T_lim v matici
    index2 <- ParovaniFinal$ProfilSrov[i+1]      #2. souřadnice T_lim v matici
    Tlim <- Matice_Tlim_final[index1,index2]  #Nalezení T_lim v matici                         #Srovnání doby jízdy s Tlim
    if (as.numeric(ParovaniFinal$DobaJizdy[i])<=Tlim) {ParovaniFinal$Parind[i] <- "ano"}
  }
}


#Změna pořadí sloupců
ParovaniFinal <- ParovaniFinal[,c("ID","RZ","DruhVozidla","IndikatorParovani","DelkaCesty","DobaJizdy","ProfilSrov","Parind","Profil1","Cas1","Profil2")]

#Tvorba výchozího dataframeu pro následné VYHODNOCENÍ PROFILŮ
VyhodnoceniProfilu <- ParovaniFinal
ParovaniFinal <- ParovaniFinal %>% select(-c(Profil2)) 

##Hledání cest = Finální párování
k <- 2
#while (sum(as.numeric(ParovaniFinal$DobaJizdy)) > 0) {                           #Podmínka opakování cyklu = sloupec DobaJizdy není prázdný
while (any(ParovaniFinal$Parind == "ano") == TRUE){
  ParovaniFinal$Profilnovy <- ""                                                 #Přidání nového sloupce pro další profil v rámci 1 cesty
  ParovaniFinal$Casnovy <- ""                                                    #Přidání nového sloupce pro další čas průjezdu v rámci 1 cesty
  ParovaniFinal$Casnovy <- strptime(ParovaniFinal$Casnovy, format = "%H:%M:%OS") #Úprava časového formátu
  parind <- "ne"                                                                 #Nastavení indikátoru
  smazind <- "ano"                                                               #Nastavení indikátoru
  i <- 0
  for (i in 1:(length(ParovaniFinal$RZ)-1)) {                                    #Procházím všechny řádky
    #nastavení indikátoru smazind
    if (parind == "ne" & ParovaniFinal$Parind[i] == "ano") {smazind <-"ano"}    #smazind == "ano" -> mohu přidat "smazat" k následujícímu řádku; smazind == "ne" -> nemohu
    
    if (ParovaniFinal$Parind[i] =="ano" & smazind == "ano") {                   #Tzn. pokud chci připojovat následující řádek do cesty
      #připojení následujícího řádku do cesty
      if(ParovaniFinal$DelkaCesty[i] != "smazat") {ParovaniFinal$DelkaCesty[i] <- as.numeric(ParovaniFinal$DelkaCesty[i])+1 }         #Zvýšení indikátoru počtu záznamů v 1 cestě
      ParovaniFinal$Casnovy[i] <- ParovaniFinal$Cas1[i+1]                         #Zkopírování času z následujícího záznamu
      ParovaniFinal$Profilnovy[i] <- ParovaniFinal$Profil1[i+1]                   #Zkopírování profilu z následujícího záznamu
      ParovaniFinal$DobaJizdy[i] <- ParovaniFinal$DobaJizdy[i+1]                  #Zkopírování doby jízdy z následujícího záznamu
      ParovaniFinal$ProfilSrov[i] <- ParovaniFinal$Profil1[i+1]                  #Zkopírování srovnávacího profilu z následujícího záznamu
      ParovaniFinal$Parind[i] <- ParovaniFinal$Parind[i+1]                       #Zkopírování indikátoru, zda chci připojovat následující řádek do cesty
      
      ParovaniFinal$DelkaCesty[i+1] <- "smazat"
      smazind <- "ne"
      } else {                                                                      #Porovnání Doby jízdy s Tlim, pokud je Doba jízdy větší, dojde k oddělení cest
      
      ParovaniFinal$DobaJizdy[i] <- 0           #Odstranění indikátoru doby jízdy mezi profily
    }                                                                    
    
    parind <- ParovaniFinal$Parind[i]        #Indikátor pro určení, zda proběhla změna parind
  }
  #přejmenování sloupců
  nazev1 <- paste("Profil",k,sep = "")
  nazev2 <- paste("Cas",k,sep = "")
  names(ParovaniFinal)[names(ParovaniFinal) == "Profilnovy"] <- nazev1           #Přejmenování nových sloupců
  names(ParovaniFinal)[names(ParovaniFinal) == "Casnovy"] <- nazev2              #Přejmenování nových sloupců
  k <- k+1
  
  #smazání řádků s příznakem "smazat"
  ParovaniFinal <- subset(ParovaniFinal,DelkaCesty!="smazat" )                      #Odstranění řádků s příznakem "smazat"
}

ParovaniFinal <- ParovaniFinal %>% select(-c(DobaJizdy,Parind,ProfilSrov))       #Odebrání indikačních sloupců sloužících pro účel stanovení cest
ParovaniFinal <- ParovaniFinal[order(ParovaniFinal$Cas1),]                       #Serazeni dle casu
ParovaniFinal$ID <-   seq.int(nrow(ParovaniFinal))                               #Změna ID -> nové ID cest

#Jaká maximální délka cesty byla nalezena?
delkacestymax <- as.numeric(max(ParovaniFinal$DelkaCesty))

#Pridani poznamky u potencialne nelogickych cest = cesty, ktere obsahuji po sobe nasledujici prujezd stejnym profilem v case <180 s
ParovaniFinal$Poznamka <- ""
k <- 0
for (k in 1:length(ParovaniFinal$RZ)) {
  j <- 0
  i <- 0
  index <- 0
  index1 <- 0
  index2 <- 0
  profil1 <- ""
  profil2 <- ""
  if (ParovaniFinal$DelkaCesty[k] >=2){
    for (i in 2:as.numeric(ParovaniFinal$DelkaCesty[k])) {
      index <- which(colnames(ParovaniFinal)=="Profil1")
      profil1 <- ParovaniFinal[c(k),c(index+j)]
      profil2 <- ParovaniFinal[c(k),c(index+j+2)]
      index1 <- which(Profily$seznamProfilu == profil1)
      index2 <- which(Profily$seznamProfilu == profil2)
      if(Profily$profilStanoviste[index1] == Profily$profilStanoviste[index2]) {ParovaniFinal$Poznamka[k] <- "Potencialne nelogicka cesta"}
      j <- j+2
    }
  }
}

##Pridani sloupcu PosledniProfil a PosledniCas
ParovaniFinal_OD <- ParovaniFinal
ParovaniFinal_OD$PosledniProfil <- ""
ParovaniFinal_OD$PosledniCas <- ""
ParovaniFinal_OD$PosledniCas <- strptime(ParovaniFinal_OD$PosledniCas, format = "%H:%M:%OS") 

#Vyplneni sloupcu PosledniProfil a PosledniCas = jen pokud cesta obsahuje prujezd vice nez 1 profilem
profil <- ""
cas <- ""
index1 <- 0
index2 <- 0
i <- 0
if (delkacestymax > 1) {                                                         #Pokud by maximální délka cesty byla 1, nebude se provádět
  for (i in 2:delkacestymax) {
    profil <- paste("Profil",i,sep = "")                                         #Určení sloupců profilu a času, ze kterých se budou přesouvat hodnoty do sloupců s posledním profilem a časem
    cas <- paste("Cas",i,sep = "")
    index1 <- which(colnames(ParovaniFinal_OD) == profil)
    index2 <- which(colnames(ParovaniFinal_OD) == cas)
    
    j <- 0
    for (j in 1:length(ParovaniFinal_OD$RZ)) {                                   #vyplnění sloupců PosledniProfil a PosledniCas
      if (ParovaniFinal_OD[j,index1] != ""){ ParovaniFinal_OD$PosledniProfil[j] <- ParovaniFinal_OD[j,index1]
      ParovaniFinal_OD$PosledniCas[j] <- ParovaniFinal_OD[j,index2]}
    }
  }
}

##Pridani informace o typu cesty do dataframeu ParovaniFinal_OD
ParovaniFinal_OD$TypCesty <- ""
i <- 0
index1 <- 0
index2 <- 0
poloha1 <- ""
poloha2 <- ""
for (i in 1:length(ParovaniFinal_OD$RZ)) {
  index1 <- which(Profily$seznamProfilu == ParovaniFinal_OD$Profil1[i])                #Urceni polohy 1. profilu (in, out, uvnitr)
  poloha1 <- Profily$polohaProfilu[index1]
  if (ParovaniFinal_OD$PosledniProfil[i] == "") {poloha2 <- ""                         #Urceni polohy posledniho profilu (out, uvnitr, "")
  } else {index2 <- which(Profily$seznamProfilu == ParovaniFinal_OD$PosledniProfil[i])
  poloha2 <- Profily$polohaProfilu[index2]}
  
  if ( poloha1 == "in" & poloha2 == "out" ) {ParovaniFinal_OD$TypCesty[i] <- "tranzit"}                                                   #tranzitni cesta
  else if ((poloha1 == "uvnitr" & poloha2 == "")|(poloha1 == "uvnitr" & poloha2 == "uvnitr")) {ParovaniFinal_OD$TypCesty[i] <- "vnitrni"} #vnitrni cesta
  else if ((poloha1 == "out" & poloha2 == "")|(poloha1 == "uvnitr" & poloha2 == "out")) {ParovaniFinal_OD$TypCesty[i] <- "zdroj"}         #zdrojova cesta
  else if ((poloha1 == "in" & poloha2 == "")|(poloha1 == "in" & poloha2 == "uvnitr")) {ParovaniFinal_OD$TypCesty[i] <- "cil"}             #cilova cesta
}


#Příprava na export
ParovaniFinalVystup <- ParovaniFinal_OD
i <- 0
nazev <- ""
#Uprava casoveho formatu
for(i in 1:delkacestymax) {
  nazev <- paste("Cas",i,sep = "")
  index <- which(colnames(ParovaniFinalVystup) == nazev)
  ParovaniFinalVystup[,index] <- format(ParovaniFinalVystup[,index], format="%H:%M:%S")
}
ParovaniFinalVystup[,c("PosledniCas")] <- format(ParovaniFinalVystup[,c("PosledniCas")], format="%H:%M:%S")

ParovaniFinalVystup[is.na(ParovaniFinalVystup)] <- ""                                   #Zmena NA za prazdne pole ""

Parovanifinal <- paste(lokace,"/Parovani-final/",sep = "")
nazev <- "Cesty"
cesta <- paste(Parovanifinal,nazev,csv, sep="") 
write.table(ParovaniFinalVystup,file=cesta,fileEncoding = "UTF-8",row.names = FALSE,sep = ";", dec = ",")


##############################################################################################################
##############################################################################################################

###MATICE SPÁROVANÝCH DAT, OD MATICE

##Tvorba matice sparovanych dat
Profily <- Profily[order(Profily$polohaProfilu),]  
Matice_sparovana <- matrix(0, nrow = length(Profily$seznamProfilu), ncol = length(Profily$seznamProfilu),dimnames = list(Profily$seznamProfilu, Profily$seznamProfilu))

k <- 0
for (k in 1:length(df_Parovani1)){
  df2 <- data.frame(df_Parovani1[k])
  colnames(df2) <- columns3
  pocet <- nrow(df2)                                   #zjištění počtu řádků (tzn. průjezdů mezi 2 po sobě následujícími profily)
  if (pocet != 0) {
    profil1 <- df2$Profil1[1]                            #definování, do jaké buňky matice bude počet uložen
    profil2 <- df2$Profil2[1]
    Matice_sparovana[profil1,profil2] <- pocet          #uložení počtu do konkrétní buňky matice
  }
}

##Pripojeni sloupce jedinecnych RZ
Jedinecne_RZ <- vector(mode="numeric", length=length(Profily$seznamProfilu))      #Priprava sloupce jedinecnych RZ
Matice_sparovana <- cbind(Matice_sparovana,Jedinecne_RZ)                          #Pridani sloupce jedinecnych RZ k pripravene Matice_sparovana

i <- 0                                                                            ##Vyplneni sloupce jedinecnych RZ
for (i in 1:length(ParovaniFinal$IndikatorParovani)){                             
  if (ParovaniFinal$IndikatorParovani[i] == "nesparovana RZ") {                   #Vyuziti sloupce "Indikator Parovani" v dataframeu ParovaniFinal
    profil1 <- ParovaniFinal$Profil1[i]                                           #definování, do jaké buňky matice bude počet uložen
    profil2 <- "Jedinecne_RZ"
    Matice_sparovana[profil1,profil2] <- Matice_sparovana[profil1,profil2]+1      #zvyseni poctu v konkretni bunce matice o 1
  }
}


#Tvorba OD matice
nazvyradku <- append(seznamStanovist,"uvnitr")
nazvysloupcu <- nazvyradku
Matice_OD <- matrix(0, nrow = length(seznamStanovist)+1, ncol = length(seznamStanovist)+1,dimnames = list(nazvyradku, nazvysloupcu))

#Vyplneni OD matice
profil1 <- ""
profil2 <- ""
index1 <- 0
index2 <- 0
i <- 0
for (i in 1:length(ParovaniFinal_OD$RZ)) {
  if (ParovaniFinal_OD$PosledniProfil[i] != "") {index1 <- which(Profily$seznamProfilu == ParovaniFinal_OD$Profil1[i])       #Vyplneni cest, které projely min. 2 profily (tzn. je vyplnen sloupec PosledniProfil)
  index2 <- which(Profily$seznamProfilu == ParovaniFinal_OD$PosledniProfil[i])   
  profil1 <- Profily$profilStanoviste[index1]
  profil2 <- Profily$profilStanoviste[index2] 
  } else {                                                                                                                   #Vyplneni cest sparovanych RZ, ktere projely jen 1 profilem
    index1 <- which(Profily$seznamProfilu == ParovaniFinal_OD$Profil1[i])
    if (Profily$polohaProfilu[index1] == "in" | Profily$polohaProfilu[index1] == "uvnitr") {profil1 <- Profily$profilStanoviste[index1]
    profil2 <- "uvnitr"} 
    if (Profily$polohaProfilu[index1] == "out") {profil1 <- "uvnitr"
    profil2 <- Profily$profilStanoviste[index1]}
  }
  Matice_OD[profil1,profil2] <- Matice_OD[profil1,profil2]+1
}

##Export matic
Parovanifinal <- paste(lokace,"/Parovani-final/",sep = "")                       #tvorba cesty pro uložení

#Matice sparovanych dat
nazvyradku <- ""
nazvysloupcu <- ""
nazvyradku <- Profily$seznamProfilu
nazvysloupcu <- append(Profily$seznamProfilu,"Jedinecne_RZ")
nazvysloupcu <- append("",nazvysloupcu)
Matice_sparovana_Vystup <- cbind(nazvyradku,Matice_sparovana)                    #pridani radku a sloupce s nazvy radku/sloupcu, aby byly soucasti exportu
Matice_sparovana_Vystup <- rbind(nazvysloupcu,Matice_sparovana_Vystup)

nazev <- "Matice_sparovanych_dat"
cesta <- paste(Parovanifinal,nazev,csv,sep = "")
write.table(Matice_sparovana_Vystup,file = cesta,fileEncoding = "UTF-8",row.names = FALSE,col.names = FALSE,sep = ";",dec = ",")  #ulozeni

#Matice OD
nazvyradku <- ""
nazvysloupcu <- ""
nazvyradku <- append(seznamStanovist,"uvnitr")
nazvysloupcu <- append("",nazvyradku)
Matice_OD_Vystup <- cbind(nazvyradku,Matice_OD)                    #pridani radku a sloupce s nazvy radku/sloupcu, aby byly soucasti exportu
Matice_OD_Vystup <- rbind(nazvysloupcu,Matice_OD_Vystup)

nazev <- "Matice_OD"
cesta <- paste(Parovanifinal,nazev,csv,sep = "")
write.table(Matice_OD_Vystup,file = cesta,fileEncoding = "UTF-8",row.names = FALSE,col.names = FALSE,sep = ";",dec = ",")  #ulozeni


##############################################################################################################
##############################################################################################################

###VYHODNOCENÍ MĚŘÍCÍCH PROFILŮ


##Tvorba listu, který obsahuje dataframey pro každý měřící profil
df_vyhodnoceniProfilu <- df_predzpracovane

k <- 0
for (k in 1:length(df_predzpracovane)) {
  df2 <- data.frame(df_vyhodnoceniProfilu[k])                                    #nacteni z listu
  
  #Pridani sloupcu pro vyhodnoceni mericich profilu
  df2$PredchoziProfil <- ""
  df2$NaslednyProfil <- ""
  df2$TypCesty <- ""
  df2$Jedinecne_RZ <- ""
  df2$Poznamka <- ""
  
  #Zjisteni vyhodnocovaneho profilu
  profil <- df2$Profil[1]  
  #Vyfiltrovani z tabulky cest jen tech zaznamu, ktere obsahuji vyhodnocovany profil
  df1 <- ParovaniFinal_OD %>% filter_all(any_vars(. %in% c(profil)))
  
  #Zjisteni polohy profilu (in/out/uvnitr)
  index <- 0
  poloha1 <- ""
  index <- which(Profily$seznamProfilu == profil)
  poloha1 <- Profily$polohaProfilu[index]
  
  #Priprava vektoru s nazvy sloupcu, ktere obsahuji casove udaje -> zmena formatu casu
  i <- 0
  nazev1 <- ""
  nazev <- "Cas1"
  for(i in 2:delkacestymax) {
    nazev1 <- paste("Cas",i,sep = "")
    nazev <- append(nazev,nazev1)
  }
  nazev <- append(nazev,"PosledniCas")
  df1[,c(nazev)] <- format(df1[,c(nazev)], format="%H:%M:%S")
  df2[,c("Cas")] <- format(df2[,c("Cas")], format="%H:%M:%S")
  
  i <- 0
  index <- 0
  cas <- ""
  rz <- ""
  for (i in 1:length(df2$RZ)){
    rz <- df2$RZ[i]
    cas <- df2$Cas[i]
    df <- df1 %>% filter_all(any_vars(. %in% c(rz)))  
    df <- df %>% filter_all(any_vars(. %in% c(cas)))
    
    df2$Jedinecne_RZ[i] <- df$IndikatorParovani[1]                               #Vyplneni informace o sparovani RZ
    df2$TypCesty[i] <- df$TypCesty[1]                                            #Vyplneni informace o typu cesty
    if (df2$DruhVozidla[i] == "") {df2$DruhVozidla[i] <- df$DruhVozidla[1]}      #Presunuti info o druhu vozidla
    df2$Poznamka[i] <- df$Poznamka[1]                                            #Presunuti info o poznamce o potencialne nelogickych cestach
    
    #Vyplneni informace o predchozim a nasledujicim profilu
    if (df$PosledniProfil == "") {
      if (poloha1 == "in") {df2$PredchoziProfil[i] <- "vne"
      df2$NaslednyProfil[i] <- "uvnitr"}
      else if (poloha1 == "out") {df2$PredchoziProfil[i] <- "uvnitr"
      df2$NaslednyProfil[i] <- "vne"}
      else if (poloha1 == "uvnitr") {df2$PredchoziProfil[i] <- "uvnitr"
      df2$NaslednyProfil[i] <- "uvnitr"}
    } else {
      
      if (poloha1 == "in") {df2$PredchoziProfil[i] <- "vne"
      index <- which(colnames(df)=="Profil1")+2
      df2$NaslednyProfil[i] <- df[1,index]}
      else if (poloha1 == "out") {# df[,c(nazev)] <- format(df[,c(nazev)], format="%H:%M:%S")
        df <- df[, !(colSums(is.na(df) | df == "") == nrow(df))]     #odstraneni prazdnych sloupcu z df (vyuziti, pokud je poloha profilu "out" nebo "uvnitr")}
        index <- which(colnames(df)=="PosledniProfil")-4
        df2$PredchoziProfil[i] <- df[1,index]                                  
        df2$NaslednyProfil[i] <- "vne"}
      else if (poloha1 == "uvnitr") {
        if(df$Cas1 == cas) {df2$PredchoziProfil[i] <- "uvnitr"
        index <- which(colnames(df)=="Profil1")+2
        df2$NaslednyProfil[i] <- df[1,index]}
        else if (df$PosledniCas == cas) {#df[,c(nazev)] <- format(df[,c(nazev)], format="%H:%M:%S")
          df <- df[, !(colSums(is.na(df) | df == "") == nrow(df))]     #odstraneni prazdnych sloupcu z df (vyuziti, pokud je poloha profilu "out" nebo "uvnitr")}
          index <- which(colnames(df)=="PosledniProfil")-4
          df2$PredchoziProfil[i] <- df[1,index]                                  
          df2$NaslednyProfil[i] <- "uvnitr"}
        else {index <- which(df == cas)-1
        df2$PredchoziProfil[i] <- df[1,(index-2)]
        df2$NaslednyProfil[i] <- df[1,index+2]}
      }      
    }
  }
  
  
  df_vyhodnoceniProfilu[k] <- list(df2)                                             #uloženi do listu
}

df2 <- data.frame(df_vyhodnoceniProfilu[1])
columns_vyhodnoceni <- colnames(df2)                                                #Zjisteni nazvu sloupcu jednotlivych dataframeu v listu
names(df_vyhodnoceniProfilu) <- seznamProfilu                                       #Prejmenovani polozek listu dle nazvu stanovist

##Tvorba noveho listu, ktery bude obsahovat sloucene vyhodnoceni pro jednotliva stanoviste
df_vyhodnoceniStanovist <- list()

#Naplneni listu = slouceni profilu jednotlivych stanovist
k <- 0
index <- 0
index1 <- 0
for (k in 1:length(seznamStanovist)) {
  index <- which(profilStanoviste == seznamStanovist[k])                          #Zjisteni, ktere profily odpovidaji stejnemu stanovisti
  i <- 0
  df2 <- data.frame()
  df <- data.frame()
  for (i in 1:length(index)) {
    index1 <- index[i]
    df <- data.frame(df_vyhodnoceniProfilu[index1]) 
    names(df) <- columns_vyhodnoceni                                           
    df2 <- bind_rows(df2,df)                                                      #Slouceni profilu stejneho stanoviste
  } 
  #Prejmenovani profilu na stanoviste
  j <- 0
  for (j in 1:length(profilStanoviste)){
    df2[df2 == seznamProfilu[j]] <- profilStanoviste[j]
  }
  df2 <- df2[order(df2$Cas),]                                                     #Serazeni dle casu
  df_vyhodnoceniStanovist[k] <- list(df2)                                         #Pridani stanoviste do listu
}

##Priprava finalnich tabulek = vyhodnoceni jednotlivych stanovist
df_vyhodnoceniSTabulky <- list()

#Priprava nazvu sloupcu a radku
columns_stanoviste_tabulky <- c("Predchozi [-]","Predchozi [%]","Nasledne [-]","Nasledne [%]","Souhrn [-]","Souhrn [%]","Pocet","Procenta")
nazvyradku <- c("vne oblasti","uvnitr oblasti","tranzitni","zdrojova","cilova","vnitrni","sparovana RZ","nesparovana RZ","Poznamka")
nazvyradku <- append(seznamStanovist,nazvyradku)


k <- 0
for (k in 1:length(df_vyhodnoceniStanovist)) {
  #VYtvoreni prazdneho dataframeu ve strukture pripravenych sloupcu a radku
  df2 <- data.frame(matrix(nrow = length(nazvyradku), ncol = length(columns_stanoviste_tabulky)))
  colnames(df2) <- columns_stanoviste_tabulky
  df2 <- cbind(nazvyradku,df2)
  
  df <- data.frame(df_vyhodnoceniStanovist[k])
  
  #Naplneni dataframeu daty
  i <- 0                                                                                                   #Naplneni rozlozeni dopravy do konkretnich stanovist
  for (i in 1:length(seznamStanovist)) {             
    df2[c(i),c("Predchozi [-]")] <- nrow(df[df$PredchoziProfil == df2$nazvyradku[i],])
    df2[c(i),c("Nasledne [-]")] <- nrow(df[df$NaslednyProfil == df2$nazvyradku[i],])
    df2[c(i),c("Souhrn [-]")] <- df2[c(i),c("Predchozi [-]")] + df2[c(i),c("Nasledne [-]")]
    df2[c(i),c("Predchozi [%]")] <- round((df2[c(i),c("Predchozi [-]")] / length(df$RZ) *100), digits = 2)   
    df2[c(i),c("Nasledne [%]")] <- round((df2[c(i),c("Nasledne [-]")] / length(df$RZ) *100), digits = 2) 
    df2[c(i),c("Souhrn [%]")] <- round((df2[c(i),c("Souhrn [-]")] / (2*length(df$RZ)) *100), digits = 2) 
  }
  i <- (length(seznamStanovist)+1)                                                                         #Naplneni rozlozeni dopravy do "vne oblasti"
  df2[c(i),c("Predchozi [-]")] <- nrow(df[df$PredchoziProfil == "vne",])
  df2[c(i),c("Nasledne [-]")] <- nrow(df[df$NaslednyProfil == "vne",])
  df2[c(i),c("Souhrn [-]")] <- df2[c(i),c("Predchozi [-]")] + df2[c(i),c("Nasledne [-]")]
  df2[c(i),c("Predchozi [%]")] <- round((df2[c(i),c("Predchozi [-]")] / length(df$RZ) *100), digits = 2)   
  df2[c(i),c("Nasledne [%]")] <- round((df2[c(i),c("Nasledne [-]")] / length(df$RZ) *100), digits = 2) 
  df2[c(i),c("Souhrn [%]")] <- round((df2[c(i),c("Souhrn [-]")] / (2*length(df$RZ)) *100), digits = 2) 
  i <- i+1                                                                                                 #Naplneni rozlozeni dopravy do "uvnitr oblasti"
  df2[c(i),c("Predchozi [-]")] <- nrow(df[df$PredchoziProfil == "uvnitr",])
  df2[c(i),c("Nasledne [-]")] <- nrow(df[df$NaslednyProfil == "uvnitr",])
  df2[c(i),c("Souhrn [-]")] <- df2[c(i),c("Predchozi [-]")] + df2[c(i),c("Nasledne [-]")]
  df2[c(i),c("Predchozi [%]")] <- round((df2[c(i),c("Predchozi [-]")] / length(df$RZ) *100), digits = 2)   
  df2[c(i),c("Nasledne [%]")] <- round((df2[c(i),c("Nasledne [-]")] / length(df$RZ) *100), digits = 2) 
  df2[c(i),c("Souhrn [%]")] <- round((df2[c(i),c("Souhrn [-]")] / (2*length(df$RZ)) *100), digits = 2) 
  i <- i+1                                                                                                 #Naplneni typu cesty "tranzitni"
  df2$Pocet[i] <- nrow(df[df$TypCesty == "tranzit",])
  df2$Procenta[i] <-  round((df2$Pocet[i] / (length(df$RZ)) *100), digits = 2)
  i <- i+1                                                                                                 #Naplneni typu cesty "zdrojova"
  df2$Pocet[i] <- nrow(df[df$TypCesty == "zdroj",])
  df2$Procenta[i] <-  round((df2$Pocet[i] / (length(df$RZ)) *100), digits = 2)  
  i <- i+1                                                                                                 #Naplneni typu cesty "cilova"  
  df2$Pocet[i] <- nrow(df[df$TypCesty == "cil",])
  df2$Procenta[i] <-  round((df2$Pocet[i] / (length(df$RZ)) *100), digits = 2)
  i <- i+1                                                                                                 #Naplneni typu cesty "vnitrni" 
  df2$Pocet[i] <- nrow(df[df$TypCesty == "vnitrni",])
  df2$Procenta[i] <-  round((df2$Pocet[i] / (length(df$RZ)) *100), digits = 2)
  i <- i+1                                                                                                 #Naplneni info o sparovanych RZ
  df2$Pocet[i] <- nrow(df[df$Jedinecne_RZ == "sparovana RZ",])
  df2$Procenta[i] <-  round((df2$Pocet[i] / (length(df$RZ)) *100), digits = 2)
  i <- i+1                                                                                                 #Naplneni info o nesparovanych RZ
  df2$Pocet[i] <- nrow(df[df$Jedinecne_RZ == "nesparovana RZ",])
  df2$Procenta[i] <-  round((df2$Pocet[i] / (length(df$RZ)) *100), digits = 2)
  i<- i+1                                                                          
  if (any(df$Poznamka != "")){
    df2$`Predchozi [-]`[i] <- "Data obsahuji potencialne nelogicke cesty"
    df2$`Nasledne [-]`[i] <- "Pocet zaznamu patricich k potencialne nelogickym cestam:"
    df2$`Nasledne [%]`[i] <- nrow(df[df$Poznamka != "",])
    df2$`Souhrn [-]`[i] <- "Procento potencialne nelogickych cest [%]"
    df2$`Souhrn [%]`[i] <- round((as.numeric(df2$`Nasledne [%]`[i]) / (length(df$RZ)) *100), digits = 2)
  }
  
  
  df2[is.na(df2)] <- ""                                                                                    #Zmena NA na prazdne bunky
  
  df_vyhodnoceniSTabulky[k] <- list(df2)                                                                   #Ulozeni do listu     
}
#Pojmenovani dataframeu v listu
names(df_vyhodnoceniSTabulky) <- seznamStanovist 


###Export
columns_stanoviste_tabulky <- append("",columns_stanoviste_tabulky)

#tvorba cesty pro uložení
VyhodnoceniProfilu <- paste(lokace,"/Vyhodnoceni-Profilu/",sep = "")                           

#Export datových sad
k<- 0
for (k in 1:length(df_vyhodnoceniProfilu)) {
  nazev <- paste("Profil_",seznamProfilu[k],"_Vyhodnoceni-mericich-stanovist_datova-sada",sep = "")
  cesta <- paste(VyhodnoceniProfilu,nazev,csv, sep="")
  df2 <- data.frame(df_vyhodnoceniProfilu[k])
  colnames(df2) <- columns_vyhodnoceni
  df2 <- df2 %>% select(-c(priznak))
  write.table(df2,file=cesta,fileEncoding = "UTF-8",row.names = FALSE,sep = ";", dec = ",")
}

#Export tabulek 
k<- 0
for (k in 1:length(seznamStanovist)) {
  nazev <- paste("Stanoviste_",seznamStanovist[k],"_Vyhodnoceni-mericich-stanovist",sep = "")
  cesta <- paste(VyhodnoceniProfilu,nazev,csv, sep="")
  df2 <- data.frame(df_vyhodnoceniSTabulky[k])
  colnames(df2) <- columns_stanoviste_tabulky
  write.table(df2,file=cesta,fileEncoding = "UTF-8",row.names = FALSE,sep = ";", dec = ",")
}


##############################################################################################################
##############################################################################################################

###VYHODNOCENÍ DOB POBYTU
columns3 <- c("ID","RZ","DruhVozidla","CasProfil1","CasProfil2","DobaJizdy","Profil1","Profil2")

##Tvorba listu df_PobytRelevantni, který bude obsahovat pouze relevantní kombinace profilů pro vyhodnocení dob pobytu

df_PobytRelevantni <- df_Parovani1   #tvorba listu

#Stanovení indikátoru relevance profilů ano/ne - relevantni jsou ty v zelene casti OD matice

profilySparovane <- columns2
i <- 0
j <- 0
polohaRelevance <- ""
for (i in 1:length(polohaProfilu)) {
  poloha1 <- polohaProfilu[i]
  for (j in 1:length(polohaProfilu)) {
    poloha2 <- polohaProfilu[j]
    # nazev <- paste(nazev1,nazev2,sep = "")
    if (poloha1 == "out") {relevance <- "ne"}
    else if (poloha1 == "uvnitr" & poloha2 == "in") {relevance <- "ne"}
    else if (poloha1 == "in" & poloha2 == "in") {relevance <- "ne"}
    else {relevance <- "ano"}
    polohaRelevance <- append(polohaRelevance, relevance)
  }
}
polohaRelevance <- polohaRelevance[-1]

#Odstranění nerelevantních kombinací profilů dle indikátoru
index <- which(polohaRelevance == "ne")
df_PobytRelevantni <- df_PobytRelevantni[- index]    
#Odstranění prázdných kombinací profilů
is_empty <- function(df_PobytRelevantni) (nrow(df_PobytRelevantni)!=0 & ncol(df_PobytRelevantni) !=0)    #zjištění prázdných kombinací profilů
df_PobytRelevantni <- df_PobytRelevantni[sapply(df_PobytRelevantni, is_empty)]                           #odstranění prázdných kombinací profilů

#Zjištění názvů relevantních kombinací profilů ( = zbylých položek listu)
columns_Pobyt <- names(df_PobytRelevantni)


#Odstraneni zaznamu, ktere se netykaji pobytu (T <= T_lim)
k <- 0
for (k in 1:length(df_PobytRelevantni)) {
  df2 <- data.frame(df_PobytRelevantni[k])
  colnames(df2) <- columns3
  df2$priznak <- ""
  Tlim <- Matice_Tlim_final[df2$Profil1[1],df2$Profil2[1]]   #nalezeni odpovidajiciho Tlim v matici
  i<-0
  for (i in 1:length(df2$Profil1)) {
    if (as.numeric(df2$DobaJizdy[i]) <= Tlim) {df2$priznak[i] <- "smazat"}   #porovnani doby jizdy s Tlim
    if (as.numeric(df2$DobaJizdy[i]) > Tlim) {df2$DobaJizdy[i] <- (as.numeric(df2$DobaJizdy[i])-Tlim)}
  }
  df2 <- df2[!df2$priznak == "smazat", ]   #odstranění řádků s příznakem "smazat"
  names(df2)[names(df2) == "DobaJizdy"] <- "DobaPobytu [s]"    #Prejmenovani sloupce "DobaJizdy" na "DobaPobytu [s]"
  df2 <- df2 %>% select(-c(priznak))
  df_PobytRelevantni[k] <- list(df2) 
}

#Prejmenovani z "DobaJizdy" na "DobaPobytu [s]" v nazvu dataframeu
columns3[columns3 == "DobaJizdy"] <- "DobaPobytu [s]"

#Odstranění prázdných kombinací profilů
is_empty <- function(df_PobytRelevantni) (nrow(df_PobytRelevantni)!=0 & ncol(df_PobytRelevantni) !=0)    #zjištění prázdných kombinací profilů
df_PobytRelevantni <- df_PobytRelevantni[sapply(df_PobytRelevantni, is_empty)]                           #odstranění prázdných kombinací profilů

#Zjištění názvů relevantních kombinací profilů ( = zbylých položek listu)
columns_Pobyt <- names(df_PobytRelevantni)


##Tvorba matice s pocty pobytu v relevantnich relacich
nazvyradku <- ""
nazvysloupcu <- ""
Profily <- Profily[order(Profily$polohaProfilu),]                                       ##Seřazení dataframeu Profily podle polohyProfilu
i <- 0
for (i in 1:length(Profily$seznamProfilu)) {                                            #Priprava nazvu radku a sloupcu
  if  (Profily$polohaProfilu[i] == "in" | Profily$polohaProfilu[i] == "uvnitr") {nazvyradku <- append(nazvyradku,Profily$seznamProfilu[i])}
  if  (Profily$polohaProfilu[i] == "out" | Profily$polohaProfilu[i] == "uvnitr") {nazvysloupcu <- append(nazvysloupcu,Profily$seznamProfilu[i])}
}
nazvyradku <- nazvyradku[-1]
nazvysloupcu <- nazvysloupcu[-1]

Matice_Pobytu <- matrix(0, nrow = length(nazvyradku), ncol = length(nazvysloupcu),dimnames = list(nazvyradku,nazvysloupcu))  #Tvorba prazdne matice s pripravenymi radky a sloupcy

k <- 0
for (k in 1:length(df_PobytRelevantni)){              ##Naplneni matice Pobytu
  df2 <- data.frame(df_PobytRelevantni[k])
  colnames(df2) <- columns3
  pocet <- nrow(df2)                                   #zjištění počtu řádků (tzn. průjezdů mezi 2 po sobě následujícími profily)
  profil1 <- df2$Profil1[1]                            #definování, do jaké buňky matice bude počet uložen
  profil2 <- df2$Profil2[1]
  Matice_Pobytu[profil1,profil2] <- pocet          #uložení počtu do konkrétní buňky matice
}

##Tvorba souhrnneho dataframeu = datove sady s dobami pobytu
Pobyty <- data.frame()
k <- 0
for (k in 1:length(df_PobytRelevantni)) {
  df2 <- data.frame(df_PobytRelevantni[k])
  colnames(df2) <- columns3
  Pobyty <- rbind(Pobyty,df2)                                                       #Spojeni jednotlivych dataframeu v listu df_PobytRelevantni
}
colnames(Pobyty) <- columns3                                                        #Prejmenovani nazvu sloupcu



##Pridani souctu pobytu v relevantnich relacich a prumerne doby pobytu
k <- 0
for (k in 1:length(df_PobytRelevantni)) {
  df2 <- data.frame(df_PobytRelevantni[k])
  colnames(df2) <- columns3                                                                           #Prejmenovani sloupcu
  df2[nrow(df2)+1,] <- ""                                                                             #Pridani radku s celkovym poctem vozidel s pobytem v relaci
  df2[length(df2$RZ),c("ID")] <- "Celkovy pocet vozidel"
  df2[length(df2$RZ),c("RZ")] <- length(which(df2$Profil1 != ""))
  df2[nrow(df2)+1,] <- ""                                                                             #Pridani radku s prumernou dobou pobytu v relaci
  df2[length(df2$RZ),c("ID")] <- "Prumerna doba pobytu [min]"  
  df2[length(df2$RZ),c("RZ")] <- round((mean(as.numeric(df2$`DobaPobytu [s]`),na.rm = TRUE)/60),digits = 0) #Prumerna doba pobytu je v minutach, zaokrouhlena na cele min
  
  df_PobytRelevantni[k] <- list(df2)
}


##Tvorba souhrnne tabulky
PobytySouhrn <- data.frame(matrix(nrow = length(columns_Pobyt), ncol = 4)) 
colnames(PobytySouhrn) <- c("Profil1","Profil2","CelkovyPocetVozidel","PrumerDobyPobytu [min]")
PobytySouhrn$Profil1 <- ""
PobytySouhrn$Profil2 <- ""
PobytySouhrn$CelkovyPocetVozidel <- 0
PobytySouhrn$`PrumerDobyPobytu [min]` <- 0

k <- 0
index <- 0
for (k in 1:length(df_PobytRelevantni)) {
  df2 <- data.frame(df_PobytRelevantni[k])
  colnames(df2) <- columns3
  PobytySouhrn$Profil1[k] <- df2$Profil1[1]                                     #Vyplneni 1. profilu z relace
  PobytySouhrn$Profil2[k] <- df2$Profil2[1]                                     #Vyplneni 2. profilu z relace
  index <- which(df2$ID == "Celkovy pocet vozidel")                             #Urceni radku v df2, ktery obsahuje celkovy pocet vozidel
  PobytySouhrn$CelkovyPocetVozidel[k] <- df2$RZ[index]
  PobytySouhrn$`PrumerDobyPobytu [min]`[k] <- df2$RZ[index+1]
}

##EXPORT
DobyPobytu <- paste(lokace,"/Doby-pobytu/",sep = "")                           #tvorba cesty pro uložení

#Export Matice Pobytu
nazvysloupcu <- append("",nazvysloupcu)               #uprava nazvu sloupcu pro export
Matice_Pobytu_vystup <- cbind(nazvyradku,Matice_Pobytu)
Matice_Pobytu_vystup <- rbind(nazvysloupcu,Matice_Pobytu_vystup)
nazev <- "Matice_Poctu_pobytu_v_relevantnich_relacich"
cesta <- paste(DobyPobytu,nazev,csv, sep="")
write.table(Matice_Pobytu_vystup,file=cesta,fileEncoding = "UTF-8",row.names = FALSE, col.names = FALSE, sep = ";", dec = ",") #uložení

#Export datove sady = souhrnny dataframe "Pobyty"
nazev <- "Pobyty_v_relevantnich_relacich"
cesta <- paste(DobyPobytu,nazev,csv, sep="")
write.table(Pobyty,file=cesta,fileEncoding = "UTF-8",row.names = FALSE, sep = ";", dec = ",") #uložení

#Export souhrnne tabulky s celkovym poctem vozidel s pobytem v jednotlivych relacich a prumernou dobou pobytu
nazev <- "Pobyty_souhrn_dle_relaci"
cesta <- paste(DobyPobytu,nazev,csv, sep="")
write.table(PobytySouhrn,file=cesta,fileEncoding = "UTF-8",row.names = FALSE, sep = ";", dec = ",") #uložení



##############################################################################################################
##############################################################################################################

###VYHODNOCENÍ TRAS
##Nacteni matice realnych vzdalenosti -> pro pozdejsi vypocet prumerne rychlosti
Matice_realnych_vzdalenosti <- data.matrix(read.csv("C:/Users/Mr. Spock/Documents/Skola/Magistr/diplomka/Matice-realnych-vzdalenosti.csv", sep=";", encoding = "UTF-8"))
Matice_realnych_vzdalenosti <- Matice_realnych_vzdalenosti[,colnames(Matice_realnych_vzdalenosti)!="X"]
rownames(Matice_realnych_vzdalenosti) <- nazvyradku


##Priprava vstupni datove sady = dataframeu s cestami
ParovaniFinal_Trasy <- ParovaniFinal_OD %>% select(-c(PosledniProfil,PosledniCas))
#Zmena formatu casu
i <- 0
nazev <- ""
index <- 0
for(i in 1:delkacestymax) {
  nazev <- paste("Cas",i,sep = "")
  index <- which(colnames(ParovaniFinal_Trasy) == nazev)
  ParovaniFinal_Trasy[,index] <- format(ParovaniFinal_Trasy[,index], format="%H:%M:%S")
}

ParovaniFinal_Trasy[is.na(ParovaniFinal_Trasy)] <- ""

##Tvorba listu dataframeů s relevantními kombinacemi profilů pro vyhodnocení tras = cest mezi těmito profily
df_TrasyRelevantni <- list()   #tvorba listu

#Stanovení indikátoru relevance profilů ano/ne - relevantni jsou ty v zelene casti OD matice

profilySparovane <- columns2
i <- 0
j <- 0
polohaRelevance <- ""
for (i in 1:length(polohaProfilu)) {
  poloha1 <- polohaProfilu[i]
  for (j in 1:length(polohaProfilu)) {
    poloha2 <- polohaProfilu[j]
    # nazev <- paste(nazev1,nazev2,sep = "")
    if (poloha1 == "out") {relevance <- "ne"}
    else if (poloha1 == "uvnitr" & poloha2 == "in") {relevance <- "ne"}
    else if (poloha1 == "in" & poloha2 == "in") {relevance <- "ne"}
    else {relevance <- "ano"}
    polohaRelevance <- append(polohaRelevance, relevance)
  }
}
polohaRelevance <- polohaRelevance[-1]

#Úprava indikátoru relevance s ohledem na profily na stejném stanovišti  ### Funguje urcite na stanoviste s poctem profilu 1-2
k <- 0
index <- 0
for (k in 1:length(seznamStanovist)) {                                            #Prochazim seznam stanovist
  index <- which(profilStanoviste == seznamStanovist[k])                          #Zjisteni, ktere profily odpovidaji stejnemu stanovisti
  if (length(index) > 1){                                                         #Resim jen stanoviste, ktere obsahuji vice profilu
    #print(append("Profil",k))
    i <- 1
    index1 <- 0                                                                  
    index2 <- 0                                                           
    profil1 <- ""
    profil2 <- ""
    while (i < length(index)){
      index1 <- which(profilStanoviste == seznamStanovist[k])[i]                   #nastaveni indikatoru cisla sloupce profilu 1
      index2 <- index1+1                                                           #nastaveni indikatoru cisla sloupce profilu 2 
      profil1 <- seznamProfilu[index1]                                             #urceni profilu 1
      j <- 0
      for (j in (i+1):length(index)) {
        profil2 <- seznamProfilu[index2]                                           #urceni profilu 2
        #print(append(profil1,profil2))  
        #Nastaveni indikatoru relevance
        profil <- paste(profil1,profil2,sep = "")
        l <- which(profilySparovane == profil)
        polohaRelevance[l] <- "ne"
        profil <- paste(profil2,profil1,sep = "")
        l <- which(profilySparovane == profil)
        polohaRelevance[l] <- "ne"
        profil <- paste(profil1,profil1,sep = "")
        l <- which(profilySparovane == profil)
        polohaRelevance[l] <- "ne"
        profil <- paste(profil2,profil2,sep = "")
        l <- which(profilySparovane == profil)
        polohaRelevance[l] <- "ne"
        
        index2 <- index2+1
      }
      i <- i+1
    }
  }
}

#Stanoveni relevantnich kombinací profilů dle indikátoru
index <- which(polohaRelevance == "ne")
profilyRelevantni <- profilySparovane[- index]    


##Priprava dataframeu do listu
columns_cesty <- colnames(ParovaniFinal_Trasy)
columns_trasy <- append(columns_cesty,c("ProfilVychozi","CasVychozi","ProfilCilovy","CasCilovy","DobaJizdy [s]","CestovniRychlost [km/h]"),)  #nazvysloupcu
k <- 0
for (k in 1:length(profilyRelevantni)){                                                                         #pocet dataframeu dle poctu relevantnich profilu
  df2 <- data.frame(matrix(nrow = 0, ncol = length(columns_trasy)))                                             #tvorba prazdnych dataframeu
  colnames(df2) <- columns_trasy                                                                                #nazvy sloupcu
  df_TrasyRelevantni[k] <- list(df2)                                                                            #ulozeni dataframeu do listu
}
names(df_TrasyRelevantni) <- profilyRelevantni                                                                  #prejmenovani polozek listu


##Prirazeni cest vzniklych finalnim parovanim do dataframeu do listu df_TrasyRelevantni
i <- 0
for (i in 1:length(ParovaniFinal_Trasy$RZ)) {                                          #Prochazim vsechny radky = vsechny cesty
  if (as.numeric(ParovaniFinal_Trasy$DelkaCesty[i]) > 1){                           #Resim jen cesty, ktere maji vice profilu nez 1
    #print(append("Radek",i))
    k <- 1                                                                          #cislo sloupce
    index1 <- 4                                                                     #nastaveni indikatoru cisla sloupce profilu 1
    index2 <- index1+2                                                              #nastaveni indikatoru cisla sloupce profilu 2
    profil1 <- ""
    profil2 <- ""
    profil <- ""
    cas1 <- ""
    cas2 <- ""
    while (k < as.numeric(ParovaniFinal_Trasy$DelkaCesty[i])) {
      index1 <- index1+2                                                            #nastaveni indikatoru cisla sloupce profilu 1
      index2 <- index1+2                                                            #nastaveni indikatoru cisla sloupce profilu 2
      profil1 <- ParovaniFinal_Trasy[c(i),c(index1)]                                #urceni profilu 1
      j <- 0
      for (j in (k+1):as.numeric(ParovaniFinal_Trasy$DelkaCesty[i])){
        profil2 <- ParovaniFinal_Trasy[c(i),c(index2)]                              #urceni profilu 2
        #print(append(profil1,profil2))  
        #Presun do dataframeu
        profil <-  paste(profil1,profil2,sep = "")                                  #urceni nazvu dataframeu z listu, do ktereho se bude ukladat cesta
        if (length(which(profilyRelevantni == profil) ) != 0) {
          index <- which(profilyRelevantni == profil)                                 #urceni indexu dataframeu z listu, do ktereho se bude ukladat cesta
          df2 <- data.frame(df_TrasyRelevantni[index])                                #vyber spravneho dataframeu z listu
          colnames(df2) <- columns_trasy                                              #prejmenovani sloupcu
          df2[nrow(df2)+1,c(1:length(columns_cesty))] <- ParovaniFinal_Trasy[c(i),]   #Presun zaznamu o ceste (vsechny polozky v radku z dataframeu ParovaniFinal_Trasy)
          df2[length(df2$RZ),c("ProfilVychozi")] <- profil1                           #Vyplneni sloupce Vychozi profil
          df2[length(df2$RZ),c("ProfilCilovy")] <- profil2                            #Vyplneni sloupce Cilovy profil
          df2[length(df2$RZ),c("CasVychozi")] <- ParovaniFinal_Trasy[c(i),c(index1+1)] #Vyplneni sloupce Vychozi cas
          df2[length(df2$RZ),c("CasCilovy")] <- ParovaniFinal_Trasy[c(i),c(index2+1)]  #Vyplneni sloupce Cilovy cas
          cas1 <- strptime(ParovaniFinal_Trasy[c(i),c(index1+1)], format = "%H:%M:%OS") #Prevod casu do formatu pro odecteni 
          cas2 <- strptime(ParovaniFinal_Trasy[c(i),c(index2+1)], format = "%H:%M:%OS") #Prevod casu do formatu pro odecteni 
          df2[length(df2$RZ),c("DobaJizdy [s]")] <- (as.numeric(difftime(cas2, cas1, units="secs"))) #Odecteni casu = doba jizdy mezi vychozim a cilovym profilem
          
          df_TrasyRelevantni[index] <- list(df2)                                       #Ulozeni upraveneho dataframeu zpet do listu
        }
        index2 <- index2+2
      }
      k <- k+1
    }   
  }
}

#Odstranění prázdných kombinací profilů
is_empty <- function(df_TrasyRelevantni) (nrow(df_TrasyRelevantni)!=0 & ncol(df_TrasyRelevantni) !=0)    #zjištění prázdných kombinací profilů
df_TrasyRelevantni <- df_TrasyRelevantni[sapply(df_TrasyRelevantni, is_empty)]                           #odstranění prázdných kombinací profilů

columns_TrasyRelevantni <- names(df_TrasyRelevantni)

##Pridani informace o cestovnich rychlostech
k <- 0
for (k in 1:length(df_TrasyRelevantni)) {
  df2 <- data.frame(df_TrasyRelevantni[k])
  colnames(df2) <- columns_trasy   
  vzdalenost <- Matice_realnych_vzdalenosti[df2$ProfilVychozi[1],df2$ProfilCilovy[1]]
  for (i in 1:length(df2$RZ)) {
    df2$`CestovniRychlost [km/h]`[i] <- round(((vzdalenost/as.numeric(df2$`DobaJizdy [s]`[i]))*3.6),digits = 0  )
  }
  df_TrasyRelevantni[k] <- list(df2)
}

##Pridani souctu cest v relevantnich relacich, prumerne doby jizdy a prumerne cestovni rychlosti
k <- 0
for (k in 1:length(df_TrasyRelevantni)) {
  df2 <- data.frame(df_TrasyRelevantni[k])
  colnames(df2) <- columns_trasy                                                                      #Prejmenovani sloupcu
  df2[nrow(df2)+1,] <- ""                                                                             #Pridani radku s celkovym poctem vozidel s pobytem v relaci
  df2[length(df2$RZ),c("ID")] <- "Celkovy pocet cest"
  df2[length(df2$RZ),c("RZ")] <- length(which(df2$Profil1 != ""))
  df2[nrow(df2)+1,] <- ""                                                                             #Pridani radku s prumernou dobou pobytu v relaci
  df2[length(df2$RZ),c("ID")] <- "Prumerna doba jizdy [s]"  
  df2[length(df2$RZ),c("RZ")] <- round(mean(as.numeric(df2$`DobaJizdy [s]`),na.rm = TRUE),digits = 0)       #Prumerna doba pobytu je v sekundach, zaokrouhlena na cele min
  df2[nrow(df2)+1,] <- ""                                                                             #Pridani radku s prumernou dobou pobytu v relaci
  df2[length(df2$RZ),c("ID")] <- "Prumerna cestovni rychlost [km/h]"  
  df2[length(df2$RZ),c("RZ")] <- round(mean(as.numeric(df2$`CestovniRychlost [km/h]`),na.rm = TRUE),digits = 0)       #Prumerna doba pobytu je v sekundach, zaokrouhlena na cele min
  
  df_TrasyRelevantni[k] <- list(df2)
}



##EXPORT
VyhodnoceniTras <- paste(lokace,"/Vyhodnoceni-tras/",sep = "")                           #tvorba cesty pro uložení
k<- 0
for (k in 1:length(df_TrasyRelevantni)) {
  nazev <- paste(columns_TrasyRelevantni[c(k)],"_Cesty-v-relaci",sep = "")
  cesta <- paste(VyhodnoceniTras,nazev,csv, sep="")
  df2 <- data.frame(df_TrasyRelevantni[k])
  colnames(df2) = columns_trasy
  write.table(df2,file=cesta,fileEncoding = "UTF-8",row.names = FALSE,sep = ";", dec = ",")
}